[发明专利]用于结直肠癌预后预测的基因标签及其应用在审
申请号: | 202211465111.0 | 申请日: | 2022-11-22 |
公开(公告)号: | CN115710601A | 公开(公告)日: | 2023-02-24 |
发明(设计)人: | 聂金福;杨劭谊;王姝洁 | 申请(专利权)人: | 中国科学院合肥物质科学研究院 |
主分类号: | C12Q1/6886 | 分类号: | C12Q1/6886;G16H50/30;G16B25/20 |
代理公司: | 合肥天明专利事务所(普通合伙) 34115 | 代理人: | 张梦媚 |
地址: | 230031 安徽*** | 国省代码: | 安徽;34 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 直肠癌 预后 预测 基因 标签 及其 应用 | ||
1.一组用于结直肠癌预后预测的基因标签,其特征在于,所述基因标签由15个长链非编码RNA组成,分别为AC093326.2,MRGPRG-AS1,USP30-AS1,LHFPL3-AS2,RP5-907D15.4,OGFRP1,C11orf72,EWSAT1,CEBPA-AS1,CARD8-AS1,MIAT,LINC00324,ZNF667-AS1,A2M-AS1和LINC00494。
2.检测样本中权利要求1所述基因标签表达量的试剂在制备用于结直肠癌预后预测的产品中的应用。
3.如权利要求2所述的应用,其特征在于,所述试剂包括通过基因芯片、二代高通量测序技术和/或PCR检测样本中所述基因标签表达量的试剂;
优选地,所述试剂为核酸探针或引物。
4.一种用于结直肠癌预后预测的产品,其特征在于,所述产品包括检测样本中权利要求1所述的基因标签表达量的试剂;
优选地,所述试剂包括通过基因芯片、二代高通量测序技术和/或PCR检测样本中所述基因标签表达量的试剂;
优选地,所述试剂为核酸探针或引物。
5.如权利要求4所述的产品,其特征在于,所述产品为芯片或试剂盒。
6.一种用于结直肠癌预后预测的预测模型,其特征在于,所述预测模型包括如权利要求1所述的基因标签,所述预测模型采用如下公式计算风险评分:
风险评分=AC093326.2表达量×(0.2143~0.2144)+MRGPRG-AS1表达量×(0.3634~0.3635)+USP30-AS1表达量×(-0.4447~-0.4446)+LHFPL3-AS2表达量×(0.3096~0.3097)+RP5-907D15.4表达量×(0.4813~0.4814)+OGFRP1表达量×(0.7894~0.7895)+C11orf72表达量×(0.2243~0.2244)+EWSAT1表达量×(0.1048~0.1049)+CEBPA-AS1表达量×(-0.4341~-0.434)+CARD8-AS1表达量×(-0.2542~-0.2541)+MIAT表达量×(0.2718~0.2719)+LINC00324表达量×(-0.1991~-0.199)+ZNF667-AS1表达量×(0.4400~0.4401)+A2M-AS1表达量×(-0.3798~-0.3797)+LINC00494表达量×(-0.4864~-0.4863);
其中,所述风险评分低于阈值,视为预后较好;所述风险评分高于阈值时,视为预后较差。
7.如权利要求6所述的预测模型,其特征在于,所述预测模型采用如下公式计算风险评分:
风险评分=AC093326.2表达量×0.21435126558627+MRGPRG-AS1表达量×0.36344609795199+USP30-AS1表达量×(-0.44476856346796)+LHFPL3-AS2表达量×0.30968725830395+RP5-907D15.4表达量×0.48130292078934+OGFRP1表达量×0.78947815966506+C11orf72表达量×0.22432492275693+EWSAT1表达量×0.10487395935198+CEBPA-AS1表达量×(-0.43418474072704)+CARD8-AS1表达量×(-0.25420001967837)+MIAT表达量×0.27186159925682+LINC00324表达量×(-0.19911673086246)+ZNF667-AS1表达量×0.44003354144362+A2M-AS1表达量×(-0.37981312297735)+LINC00494表达量×(-0.48646764307466)。
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