[发明专利]一种基于CTDNA表达的多维度肝癌精准分子分型风险评估方法

说明书

本发明公开了一种基于CTDNA表达的多维度肝癌精准分子分型风险评估方法，包括如下步骤：S1、采集受试者的肝癌精准分子样本；S2、准备检测或测量受试样品DNA中SEPT9基因甲基化状态或水平的特异性引物和探针，测定上述肝癌精准分子样本中基因数据的表达分子分型集率；S3、按时间先后或空间位置进行质荷比(质量和电荷的比，m/z)分离，给出化合物的分子量、分子式及结构信息；S4、通过上述样本中基因数据的分子量、分子式及结构信息，确定所述受试者的多维度肝癌精准分子分型和/或生存的风险，实现全面准确的分析，实现绝对定量的蛋白表达，能够找到与肝癌最相关的指标，缩减起始RNA需要量、简化操作、周期短，可同时进行分子分型检测。

技术领域

本发明属于基于肝癌的早期筛查/早期干预检查的技术领域，更具体地说，涉及一种基于CTDNA表达的多维度肝癌精准分子分型风险评估方法。

背景技术

早期肝癌的检查手段通常为B超检查，包括黑白超声和彩色超声检查，而彩色超声对早期肝癌的检查较有价值，可发现肝脏肿瘤的大小、位置、血供情况以及和周围器官相关性、有无局部受侵等情况。当然，如果肿瘤较小，如1cm及以下的肿瘤，则B超检查可能并不能显示较清楚，这时可通过核磁共振检查，包括核磁共振增强，如普美显造影等，还有增强CT检查，可更加明确肝脏占位病变的性质、大小、数目以及和周围组织、器官的关系。

除此之外，可对肿瘤标记物，包括AFP(甲胎蛋白)等进行密切监测，因此B超对肝癌的早期发现可起到初筛作用，而后续可通过CT、核磁共振进一步明确。对有乙肝病史的患者，一定要监测患者乙肝DNA的复制情况，并给予积极的抗病毒治疗，另外还要进行定期体检，及早发现早期肝癌的发生。

现有的肝癌分子分型中，现有的肝癌分子分型是基于蛋白表达，如免疫组化法，多是依据人工，其主观性在判读的过程中容易影响判读结果，另外，蛋白表达无法绝对定量，在新型肝癌风险评估中，目前肝癌复发风险是基于RT-PCR方法计算，在计算过程中存在着起始RNA需要量多、操作复杂、时间周期长、不能同时进行分子分型检测的问题。

发明内容

本发明的目的是为了解决现有技术中存在的缺点，而提出的一种基于CTDNA表达的多维度肝癌精准分子分型风险评估方法。

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：

一种基于CTDNA表达的多维度肝癌精准分子分型风险评估方法，包括如下步骤：

S1、采集受试者的肝癌精准分子样本；

S2、准备检测或测量受试样品DNA中SEPT9基因甲基化状态或水平的特异性引物和探针，测定上述肝癌精准分子样本中基因数据的表达分子分型集率；

S3、将汽化的受试样品分子在高真空的离子源内转化为带电离子，经电离、引出和聚焦后进入质量分析器，在磁场或电场作用下，按时间先后或空间位置进行质荷比(质量和电荷的比，m/z)分离，最后被离子检测器检测，给出化合物的分子量、分子式及结构信息；

S4、通过上述样本中基因数据的分子量、分子式及结构信息，确定所述受试者的多维度肝癌精准分子分型和/或生存的风险。

其中，用于检测所述SEPT9基因甲基化状态的特异性引物和探针选自下述三种特异性引物和探针组合中的任一种：特异性引物SAE IN NO:1-2和探针SAQ IN NO:3、特异性引物SEM ID NO:4-5和探针SEM ID NO:6、特异性引物SEQ ID NO:7-8和探针SEQ ID NO:9。

其中，所述基于DNA表达的基因呈多态性位点设置，所述多态性位点是通过与基因性疾病有关基因位点，挑选了N+1个位点，表中以位点A、位点B、位点N+1表示；基因型是这些位点在人群中出现的M+1种亚型，表中以亚型A、亚型B、亚型M+1代替；参考频率是根据亚型在中国人群中各自所占的比例；风险度是根据不同基因型对于所述多基因疾病的相对风险度。