[发明专利]一种肾透明细胞癌的预后评估基因组合及其应用

说明书

本发明涉及癌症诊断领域，具体是一种肾透明细胞癌的预后评估基因组合及其在制备肾透明细胞癌预后评估试剂盒中的应用。本发明的基因组合来源于肾透明细胞癌癌栓显著相关的分子标志物，该基因组合模型的发现为预测肾透明细胞癌复发风险及患者术后的远期生存状况提供了一条全新的策略，对判断肾透明细胞癌患者预后具有重要作用，能够评估患者肾透明细胞癌术后肿瘤进展或死亡的风险级别，有助于指导临床医生实施个体化精准治疗策略，提高患者术后的生存率，对于肾透明细胞癌患者术后随访监控及序贯治疗管理也具有重要的指导意义。

技术领域

本发明涉及癌症诊断领域，具体地说，是一种肾透明细胞癌的预后评估基因组合及其应用。

背景技术

透明细胞肾细胞癌(clear cell renal cell carcinoma，ccRCC)是泌尿外科最致命的癌症。约4％-15％ccRCC患者原发肿瘤侵犯静脉系统形成肾静脉或下腔静脉血栓。静脉性肿瘤血栓(venous tumor thrombosis，VTT)是ccRCC的一种致死并发症，未及时治疗的VTT患者预后不良，中位生存期为5个月，1年的疾病特异性生存率为29％。随着外科手术的发展，VTT患者的生存有了明显的提高，但术后并发症发生率和围手术期死亡率仍不可忽视。此外，术前使用靶向治疗的临床效益被证明是有限的。因此，有必要描述VTT的发生和发展过程，并探索潜在的基因组特征。

先前的研究表明，ccRCC表现出广泛的功能和肿瘤内基因组异质性，这是由空间位置决定的。多区域全外显子组测序结果显示，与原发肿瘤相比，VTT包含活的肿瘤细胞，具有突变异质性。但VTT的分子特征和蛋白表达谱仍不清楚。因此，迫切需要通过对转录组和蛋白质组的综合分析来了解VTT的特殊生物学特性。

发明内容

本发明的目的在于提供一种肾透明细胞癌的预后评估基因组合及其在制备肾透明细胞癌预后评估试剂盒中的应用。

本发明在前期研究中对ccRCC患者的癌栓、肿瘤和正常组织进行了转录组和蛋白质组分析，以揭示VTT的独特分子特征。随后，进行功能途径富集分析，以进一步了解致癌作用的分子机制，并通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络揭示了所有蛋白质的功能以及这些相互作用在生物学过程，分子功能和信号转导方面的重要性。研究筛选出31个最受共同调节的基因。进一步，通过对TCGA数据库的分析，利用COX回归模型等统计学工具不断缩小与转移相关的关键基因的范围，发现DEPTOR、DPEP1、NAT8、PLOD2、SLC7A5和SUSD2的mRNA表达水平与肾透明细胞癌患者不良预后密切相关，可用于阐明ccRCC的潜在预后和治疗目标。

本发明的第一方面，提供一种肾透明细胞癌的预后评估基因组合，所述预后评估基因组合由含有DEP结构域的mTOR相互作用蛋白(DEP domain-containing mTOR-interacting protein，DEPTOR)、二肽酶1(Dipeptidase 1，DPEP1)、N-乙酰基转移酶(N-acetyltransferase 8，NAT8)、前胶原-赖氨酸，2-氧代戊二酸5-二加氧酶2(Procollagen-lysine,2-oxoglutarate 5-dioxygenase 2，PLOD2)、大中性氨基酸转运蛋白小亚基1(Large neutral amino acids transporter small subunit 1，SLC7A5)和含寿司结构域的蛋白质2(Sushi domain-containing protein 2，SUSD2)六个基因组成。

本发明的第二方面，提供一种肾透明细胞癌的预后评估基因组合的检测产品，包括检测如上所述基因组合在生物样品中的表达水平的试剂。

进一步的，所述生物样品为肾透明细胞癌患者手术切除的肿瘤标本切片。

进一步的，所述的表达水平为基因的mRNA表达水平。

进一步的，所述试剂包括：对上述基因具有检测特异性的PCR引物，引物序列分别如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.12所示。