[发明专利]一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记，引物及其筛选方法

权利要求书

1.一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记，其特征在于：所述分子标记为rpl36-rpl2，ycf3-atpF，rpoB-ndhG，ndhG-Interval（ycf2-ycf1），Interval（ycf2-ycf1）中的任意一种。

2.根据权利要求1所述的一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记，其特征在于：所述耐淹乔木为糠杉Cunninghamia lanceolata（Normal），红心杉Cunninghamia lanceolata（Red-heart），柳杉Cryptomeria japonica var.sinensis，秃杉Taiwania flousiana，水杉Metasequoia glyptostroboide中的任意一种。

3.一种鉴定耐淹乔木抗逆性的引物，其特征在于：所述引物至少含有以下任意一对引物：

引物对rpl36-rpl2的核苷酸序列如SEQ ID NO:1-2所示；

引物对ycf3-atpF的核苷酸序列如SEQ ID NO:3-4所示；

引物对rpoB-ndhG的核苷酸序列如SEQ ID NO:5-6所示；

引物对ndhG-Interval的核苷酸序列如SEQ ID NO:7-8所示；

引物对Interval（ycf2-ycf1）的核苷酸序列如SEQ ID NO:9-10所示。

4.根据权利要求3所述的引物在耐淹乔木抗逆性鉴定中的应用。

5.一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记的筛选方法，其特征在于：包括以下步骤：

（1）采集耐淹乔木的新鲜叶片，提取总基因组并测序，将测序合格的DNA样品随机打断构建文库，对文库进行双末端扫描测序获得原始数据；

（2）将步骤（1）得到的原始数据采用BWA软件映射到参考质体基因组中，经组装、测序校正得到质体基因组；

（3）将步骤（2）得到的质体基因组与野外原生种的质体基因组利用DOGMA重新注释，经更正、Contigs合并和去冗余得到全质体基因组；

（4）将步骤（3）得到的全质体基因组与裸子植物的孑遗物种的质体基因组比对，根据孑遗物种保守的祖先IR区预测全质体基因组的IR区，并将其重新注释为sIR区；

（5）将步骤（3）得到的全质体基因组进行系统发育分析、InDel分析和SNP分析，获得InDel位点和SNP位点信息；

（6）结合步骤（4）得到的sIR区，步骤（5）得到的InDel位点和SNP位点信息，筛选耐淹乔木全质体基因组序列的高度突变区域，获取相关分子标记并进行引物开发。

6.根据权利要求5所述的一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记的筛选方法，其特征在于：步骤（2）所述的参考质体基因组为大果青扦Picea neoveitchii和火炬松Pinus taeda的质体基因组。

7.根据权利要求5所述的一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记的筛选方法，其特征在于：步骤（3）所述的全质体基因组序列为MZ520130-MZ520134。

8.根据权利要求5所述的一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记的筛选方法，其特征在于：步骤（4）所述的裸子植物的孑遗物种为银杏Ginkgo biloba L.和苏铁Cycas revoluteThunb.；所述比对的软件为Geneious R11。

9.根据权利要求5所述的一种鉴定耐淹乔木抗逆性的分子标记的筛选方法，其特征在于：步骤（5）所述的系统发育分析方法为最大似然法（ML），贝叶斯法（BI），最大简约法（MP）的任意一种或多种。