[发明专利]一种分枝杆菌和真菌基因特异性引物组及分枝杆菌和真菌感染的测序方法在审
申请号: | 202210954187.3 | 申请日: | 2022-08-10 |
公开(公告)号: | CN115478114A | 公开(公告)日: | 2022-12-16 |
发明(设计)人: | 逄宇;许佩松;王云飞;谷红仓;李姗姗;任卫聪 | 申请(专利权)人: | 首都医科大学附属北京胸科医院;杭州圣庭医疗科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/689 | 分类号: | C12Q1/689;C12Q1/6895;C12Q1/686;C12Q1/6869;C12N15/11;C12R1/32;C12R1/325;C12R1/725;C12R1/72;C12R1/74;C12R1/645;C12R1/68;C12R1/67;C12R1/685 |
代理公司: | 杭州华鼎知识产权代理事务所(普通合伙) 33217 | 代理人: | 李晓春 |
地址: | 101149 *** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 分枝杆菌 真菌 基因 特异性 引物 感染 方法 | ||
1.一种分枝杆菌和真菌基因特异性引物组,其特征是,包括特异性基因IS6100、hsp65、rpoB、gyrA、L1A1、RPB1、Tub2、CaM、URA5、CAP10、mtLSU、Kex-1或MP1引物组,其中,IS6100的引物序列包含具有SEQ01所示的核苷酸序列和包含具有SEQ02所示的核苷酸序列;或者hsp65的引物组包含具有SEQ03所示的核苷酸序列和包含具有SEQ04所示的核苷酸序列;或者rpoB的引物组包含具有SEQ05所示的核苷酸序列和包含具有SEQ06所示的核苷酸序列;或者gyrA的引物组包含具有SEQ07所示的核苷酸序列和包含具有SEQ08所示的核苷酸序列;或者L1A1的引物组包含具有SEQ09所示的核苷酸序列和包含具有SEQ10所示的核苷酸序列;或者RPB1的引物组包含具有SEQ11所示的核苷酸序列和包含具有SEQ12所示的核苷酸序列;或者Tub2的引物组包含具有SEQ13所示的核苷酸序列和包含具有SEQ14所示的核苷酸序列;或者CaM的引物组包含具有SEQ15所示的核苷酸序列和包含具有SEQ16所示的核苷酸序列;或者URA5的引物组包含具有SEQ17所示的核苷酸序列和包含具有SEQ18所示的核苷酸序列;或者CAP10的引物组包含具有SEQ19所示的核苷酸序列和包含具有SEQ20所示的核苷酸序列;或者mtLSU的引物组包含具有SEQ21所示的核苷酸序列和包含具有SEQ20所示的核苷酸序列;或者Kex-1的引物组包含具有SEQ23所示的核苷酸序列和包含具有SEQ24所示的核苷酸序列;或者MP1引物组包含具有SEQ25所示的核苷酸序列和包含具有SEQ26所示的核苷酸序列。
2.根据权利要求1所述的一种分枝杆菌和真菌基因特异性引物组,其特征是,所述分枝杆菌包括结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌,所述非结核分枝杆菌包括:鸟分枝杆菌、胞内分枝杆菌、龟分枝杆菌、脓肿分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌。
3.根据权利要求1所述的一种分枝杆菌和真菌基因特异性引物组,其特征是,所述真菌包括念珠菌和曲霉菌。
4.根据权利要求3所述的一种分枝杆菌和真菌基因特异性引物组,其特征是,所述念珠菌包括白色念珠菌、光滑念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌。
5.根据权利要求4所述的一种分枝杆菌和真菌基因特异性引物组,其特征是,所述曲霉菌包括烟曲霉、黄曲霉、黑曲霉、土曲霉;隐球菌包括格特隐球菌、新型隐球菌、马尔尼菲蓝状菌、耶氏肺孢子菌。
6.一种分枝杆菌和真菌感染的测序方法,其特征是,所述分枝杆菌和真菌感染的测序方法应用权利要求1至5任意一项的权利要求所述的分枝杆菌和真菌基因特异性引物组;包括以下步骤:
1)设计覆盖分枝杆菌特异性分型基因IS6100、hsp65、rpoB、gyrA引物;覆盖念珠菌特异性分型基因L1A1、RPB1引物;
2)在各个正向引物-F的5’端加上TTTCTGTTGGTGCTGATATTG碱基填充序列,各个反向引物-R的5’端加上ACTTGCCTGTCGCTCTATCTTC碱基填充序列,得到含有第二轮PCR引物结合位点的扩增引物;
3)将第二轮PCR引物结合位点的扩增引物稀释,混合各基因的正反向引物;其次将混合后的引物形成引物池;
4)合成适用于第二轮PCR的Barcode标签引物,将所有barcode干粉引物稀释,并将相同barcode的正反向引物混合,形成barcode引物池。
7.根据权利要求6所述的利用分枝杆菌和真菌基因特异性引物组以检测分枝杆菌和真菌感染的测序方法,其特征是,还包括步骤5),所述步骤5)为提取基因组DNA。
8.根据权利要求6所述的利用分枝杆菌和真菌基因特异性引物组以检测分枝杆菌和真菌感染的测序方法,其特征是,还包括步骤6),所述步骤6)为用引物池进行第一轮扩增并纯化。
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