[发明专利]一种猪乳头数性状育种130K SNP测序分型芯片及应用

说明书

本发明涉及一种猪乳头数性状育种130K SNP测序分型芯片及应用。本发明利用大规模低深度全基因组重测序技术得到的遗传标记特异性筛选与猪乳头数相关的功能标记信息，极大剔除了测序数据信息中的噪音位点，同时保留与乳头数相关的功能位点，最终形成一种应用于猪乳头数性状育种的130K SNP测序分型芯片，降低分型成本的同时，极大地提升了乳头数性状的育种准确性。

技术领域

本发明涉及基因组育种、功能基因组学和分子生物学领域，具体说是一种猪乳头数性状育种130K SNP测序分型芯片及应用。

背景技术

2001年，Theo Meuwissen等人首次提出了全基因组选择(Genomic Selection，GS)技术的创新思想，这是继上世纪BLUP育种技术实施以来的又一项创新技术，它利用覆盖全基因组的高密度标记进行选择育种，通过①早期选择缩短世代间隔，②提高育种值(Genomic Estimated Breeding Value，GEBV)估计准确性等加快遗传进展，尤其对低遗传力、难测定的复杂性状具有较好的预测效果，真正将基因组技术用于了育种实践，目前正在推动动植物育种的革命性进步，是现代种业中最重要、最前沿的共性技术之一。

单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms，SNP)作为目前主流的遗传标记，在基因组中数量众多，分布广泛，遗传稳定性好。在人类和动植物研究中被广泛用于各类性状遗传机制的解析、选择进化研究和基因组选择等研究方向。在基因组选择应用中，过去十余年，高通量SNP分析主要依赖于SNP芯片技术，但传统的固相SNP芯片存在着①标记固定无法拓展、②不同群体的通用性差、③不同表型的育种效果差别大、④成本高昂等缺陷，上述问题均限制了全基因组选择技术在育种中大规模推广应用。近几年来，基于测序的SNP分型方法快速发展，其中比较有代表性的是一种所谓“液相芯片”的方法，其核心原理是通过对基因组目标区域进行靶向富集测序，来完成数千至数万个位点的SNP基因分型。虽然该技术比传统固相芯片在设计位点上更灵活，但由于基因组不同位置测序的靶向性存在极大差异，导致其分析和使用成本从原理上无法有效降低，限制了大规模的育种应用。

猪繁殖性状在生产效率和经济效益上具有举足轻重的地位，其一直是育种研究与生产的重点。乳头作为哺乳的重要器官，与泌乳性能息息相关，最可能作为猪繁殖性状的辅选性状，且猪的乳头数比其他某些经济特征更强烈地受遗传性制约，不易受饲养管理条件的影响发生变异。同时乳头数度量简便，出生后即稳定不变。乳头数性状属于复杂的数量性状，仅通过少部分分子标记直接有效地应用于育种产业的难度较大，依然需要通过基因组选择技术来实现对乳头数性状的快速选育。

发明内容

针对现有技术中存在的缺陷，本发明的目的在于提供一种猪乳头数性状育种130KSNP测序分型芯片。本发明利用大规模低深度全基因组重测序技术得到的遗传标记特异性筛选与猪乳头数相关的功能标记信息，极大剔除了测序数据信息中的噪音位点，同时保留与乳头数相关的功能位点，最终形成一种应用于猪乳头数性状育种的130K SNP测序分型芯片，降低分型成本的同时，极大地提升了乳头数性状的育种准确性。

为达到以上目的，本发明采取的技术方案是：

一种猪乳头数性状育种130K SNP测序分型芯片，其特征在于，包含130134个SNP位点。

上述测序分型芯片中SNP位点如下表所示：