[发明专利]一种猪乳头数性状育种130K SNP测序分型芯片及应用

权利要求书

1.一种猪乳头数性状育种130K SNP测序分型芯片，其特征在于，包含130134个SNP位点。

2.一种权利要求1所述的一种猪乳头数性状育种130K SNP测序分型芯片的制作方法，其特征在于，包括以下步骤：

步骤1，对猪样本群体中的每个个体基因组DNA进行低深度重测序，测序深度为0.4×-0.8×/样本；

步骤2，基于步骤1得到的测序数据进行基因组SNP标记检测，鉴定上述猪样本群体中的多态位点，并对多态位点进行基因分型，得到全基因组SNP；

步骤3，对猪群体中的个体收集猪乳头数表型，以个体出生后一周内有效乳头数为准，剔除离群值；

步骤4，在经步骤3剔除了离群值的猪群体中随机选出固定数量的个体作为发现群体，基于上述发现群体对步骤3得到的剔除了离群值的猪乳头数表型进行全基因组关联分析，筛选与猪乳头数相关的功能位点；

步骤5，筛选出基因组骨架位点，以用于捕获除主效位点外其他基因组效应；

步骤6，合并步骤4得到的与猪乳头数相关的功能位点和步骤5得到的基因组骨架位点，得到猪乳头数性状特异的130134个标记集合，生成最终的猪乳头数性状育种130K SNP测序分型芯片。

3.如权利要求2所述的一种猪乳头数性状育种130K SNP测序分型芯片的制作方法，其特征在于：

步骤2中所述鉴定多态位点的位点过滤参数为：估计最小等位基因频率EAF＞0.01，测序深度≥1.5IQR；

步骤2中所述对多态位点进行基因分型，其分型结果的过滤参数为：最小等位基因频率MAF＞0.01，填充信息得分INFO SCORE＞0.4。

4.如权利要求2所述的一种猪乳头数性状育种130K SNP测序分型芯片的制作方法，其特征在于：

步骤4中所述筛选与猪乳头数性状相关的功能位点的筛选标准为P＜0.01。

5.如权利要求2所述的一种猪乳头数性状育种130K SNP测序分型芯片的制作方法，其特征在于：

步骤5中所述筛选出基因组骨架位点的具体步骤为：对步骤2中得到的全基因组SNP进行LD过滤，过滤条件为：以1000bp为窗口长度，窗口内部两两SNP位点的LD r²值大于0.40时删除其中一个位点，最终得到基因组骨架位点。

6.一种权利要求1所述的一种猪乳头数性状育种130K SNP测序分型芯片的应用，其特征在于，包括如下步骤：

步骤1，建立参考群体，利用所述测序分型芯片获得参考群体中每个个体的基因型数据，同时记录上述参考群体表型数据，通过合适的统计模型可以估计出每个SNP或不同染色体片段的效应值；

步骤2，然后对候选群体的每个个体，利用所述测序分型芯片方法进行基因分型，利用参考群体中估计得到的SNP效应值来计算候选群体中每个个体的基因组估计育种值；

步骤3，根据育种值的排名对优秀个体进行选留。