[发明专利]一种DNA文库构建试剂盒、文库构建方法和应用在审
申请号: | 202210563127.9 | 申请日: | 2022-05-18 |
公开(公告)号: | CN114808148A | 公开(公告)日: | 2022-07-29 |
发明(设计)人: | 冯延叶;李艳玲;袁方;赖煦卉;孙大鹏 | 申请(专利权)人: | 上海英基生物科技有限公司 |
主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06;C40B50/08;C40B40/06 |
代理公司: | 北京品源专利代理有限公司 11332 | 代理人: | 潘登 |
地址: | 200241 上海市*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 dna 文库 构建 试剂盒 方法 应用 | ||
1.一种DNA文库构建试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括P7接头和P5接头;
所述P7接头由反向互补的第一链和第二链组成,所述第一链5’端具有修饰基团,所述修饰基团包括磷酸基团、羟基或腺苷,所述第一链3’端经封闭修饰,所述封闭修饰包括C6氨基修饰、C12氨基修饰、双脱氧修饰或spacer修饰;
所述第二链的3’端经封闭修饰,所述封闭修饰包括双脱氧修饰;
所述P5接头由单链组成,P5接头的5’末端修饰有羟基基团,3’末端修饰有羟基基团,且3’末端两个碱基之间包含至少一个硫代修饰。
2.根据权利要求1所述的DNA文库构建试剂盒,其特征在于,所述P7接头的第一链的核酸序列包括SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5、SEQ IDNO.6或SEQ ID NO.7所示的序列;
优选地,所述P7接头的第二链的dT碱基全部替换成为dU碱基;
优选地,所述P7接头的第二链的序列由核糖核酸组成;
优选地,所述P7接头的第二链的核酸序列包括SEQ ID NO.8、SEQ ID NO.9或SEQ IDNO.11所示的序列。
3.根据权利要求1或2所述的DNA文库构建试剂盒,其特征在于,所述P5接头的核酸序列包括SEQ ID NO.10所示的序列。
4.根据权利要求1-3任一项所述的DNA文库构建试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括酶组合物和/或缓冲液;
优选地,所述酶组合物包括DNA打断酶、末端修复酶、PCR扩增酶或连接酶中的任意一种或至少两种的组合;
优选地,所述缓冲液包括末端修复缓冲液和/或连接缓冲液。
5.根据权利要求4所述的DNA文库构建试剂盒,其特征在于,所述连接酶包括T4 DNA连接酶、T4 DNA连接酶突变体或T7 DNA连接酶。
6.一种DNA文库构建方法,其特征在于,所述方法包括:
采用如权利要求1-5任一项所述的DNA文库构建试剂盒进行文库构建。
7.根据权利要求6所述的DNA文库构建方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
(1)对基因组DNA进行处理,得到片段化基因组DNA,并对片段化基因组DNA进行DNA末端修复,纯化产物,得到具有特定末端结构的片段化基因组DNA;
(2)使用DNA连接酶将P7接头连接至具有特定末端结构的片段化基因组DNA的3’端;
使用酶将P5接头连接至具有特定末端结构的片段化基因组DNA的5’端;
(3)纯化连接产物,并对连接产物进行PCR扩增,得到所述DNA文库。
8.根据权利要求7所述的DNA文库构建方法,其特征在于,所述纯化包括利用磁珠进行纯化;
优选地,所述P5接头的连接所使用的酶包括RNase H酶、UDG酶、Endo Ⅷ酶、taq聚合酶、A家族高保真聚合酶、B家族聚合酶、taq DNA连接酶或E.coli DNA连接酶中的任意一种或至少两种的组合。
9.根据权利要求6-8任一项所述的DNA文库构建方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
(1)对基因组DNA进行处理,得到片段化基因组DNA,并对片段化基因组DNA进行DNA末端修复,利用磁珠纯化产物,得到具有特定末端结构的片段化基因组DNA;
(2)使用DNA连接酶将P7接头连接至具有特定末端结构的片段化基因组DNA的3’端;
使用酶将P5接头连接至具有特定末端结构的片段化基因组DNA的5’端;
(3)利用磁珠纯化连接产物,并对连接产物进行PCR扩增,利用磁珠纯化扩增产物,得到所述DNA文库。
10.一种如权利要求1-5任一项所述的DNA文库构建试剂盒在构建DNA文库中的应用。
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