[发明专利]一种利用KIT基因拷贝数变异遗传标记鉴定斑点瘤牛品种的方法

权利要求书

1.一种利用KIT基因拷贝数变异遗传标记鉴定斑点瘤牛品种的方法，其特征在于：该鉴定斑点瘤牛品种的方法包括以下步骤：

对瘤牛候选基因组区域的拷贝数变异进行检测，若检测到重复突变，则判断所述瘤牛属于斑点毛色性状瘤牛，所述候选基因组区域位于牛参考基因组第6号染色体69.9Mb至70.5Mb以内。

2.根据权利要求1所述一种利用KIT基因拷贝数变异遗传标记鉴定斑点瘤牛品种的方法，其特征在于：所述鉴定斑点瘤牛品种的方法具体包括以下步骤：对待测瘤牛个体进行基因组测序，然后计算候选基因组区域的覆盖深度，若候选基因组区域的覆盖深度表征了所述瘤牛个体的候选基因组区域具有高于正常拷贝数类型的覆盖深度，则将所述瘤牛个体的品种确定为斑点瘤牛；所述候选基因组区域为牛参考基因组第6号染色体69975000bp–70467000bp，牛参考基因组为ARS-UCD1.2。

3.根据权利要求2所述一种利用KIT基因拷贝数变异遗传标记鉴定斑点瘤牛品种的方法，其特征在于：所述正常拷贝数类型具有单拷贝的候选基因组区域，重复拷贝数类型具有1.5到2个拷贝的候选基因组区域。

4.根据权利要求1所述一种利用KIT基因拷贝数变异遗传标记鉴定斑点瘤牛品种的方法，其特征在于：所述斑点毛色性状瘤牛的斑点颜色为棕色或黑色。

5.一种KIT基因拷贝数变异遗传标记或KIT基因拷贝数变异遗传标记检测方法在瘤牛毛色性状分子标记辅助选择育种、瘤牛品种鉴定中的应用，其特征在于：所述遗传标记为牛参考基因组第6号染色体69.9Mb至70.5Mb以内候选基因组区域的重复突变。

6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于：所述候选基因组区域为牛参考基因组第6号染色体69975000bp–70467000bp，牛参考基因组为ARS-UCD1.2。

7.一种利用KIT基因拷贝数变异遗传标记鉴定斑点瘤牛品种的试剂盒，其特征在于：该试剂盒包括用于检测牛参考基因组第6号染色体69.9Mb至70.5Mb以内的候选基因组区域的拷贝数的试剂。

8.根据权利要求7所述一种利用KIT基因拷贝数变异遗传标记鉴定斑点瘤牛品种的试剂盒，其特征在于：所述候选基因组区域为牛参考基因组第6号染色体69975000bp–70467000bp，牛参考基因组为ARS-UCD1.2。

9.一种利用KIT基因拷贝数变异遗传标记鉴定斑点瘤牛品种的系统，其特征在于：该系统包括测序模块、数据分割模块、数据计算模块及分型模块；

所述测序模块用于读取或检测瘤牛的基因组数据；

所述数据分割模块用于提取所述基因组数据中位于牛参考基因组第6号染色体69.9Mb至70.5Mb以内的候选基因组区域的对应部分；

所述数据计算模块用于利用提取的对应基因组数据计算候选基因组区域的覆盖深度；

所述分型模块用于通过比对正常拷贝数类型的覆盖深度，确定所述瘤牛候选基因组区域的拷贝数变异情况，若检测到重复突变，则判断所述瘤牛属于斑点毛色性状瘤牛。

10.根据权利要求9所述一种利用KIT基因拷贝数变异遗传标记鉴定斑点瘤牛品种的系统，其特征在于：所述候选基因组区域为牛参考基因组第6号染色体69975000bp–70467000bp，牛参考基因组为ARS-UCD1.2。