[发明专利]一种提取口腔黏膜核酸进行全基因组高通量测序的方法

说明书

本发明公开了一种提取口腔黏膜核酸进行全基因组高通量测序的方法。本发明的方法包括：在采集的口腔黏膜样本中加入GT Buffer和蛋白酶K依次进行提取、裂解、离心后，采用仪器自动抽提口腔黏膜样本gDNA；将样本gDNA进行PCR片段化、末端修复加A，获得加A后的gDNA；将加A后的gDNA与接头连接，获得连接产物；将上述连接产物进行纯化后，上机测序。本发明还提供了一种提取口腔黏膜核酸进行全基因组高通量测序的试剂盒。本发明通过对口腔黏膜样本核酸抽提后进行全基因组高通量测序，具有采集方便、可以实现全自动化抽提核酸的优点，且无需抽取血液，属于无创检测，为临床病理研究提供了新的高效测序方法。

技术领域

本发明涉及一种提取口腔黏膜核酸进行全基因组高通量测序的方法，属于生物检测技术领域。

背景技术

全基因组测序(Whole Genome Sequencing，WGS)是利用高通量测序平台对人类不同个体或群体进行全基因组测序，并在个体或群体水平上进行生物信息学分析。可全面挖掘DNA水平的遗传变异，为筛选疾病的致病及易感基因和研究发病及遗传机制提供重要信息。相较于全外显子组测序来说，全基因组测序由于结果包含完整丰富的信息，可以得到外显子测序或靶向测序不能得到的更多信息，具有其独特的优势。且随着近年来测序技术的不断进步、测序成本的不断降低，使得全基因组测序变得触手可及。而且全基因组测序在鉴定单核苷酸变异(SNP)、插入和缺失突变(Indel)时更有优势，所以全基因组测序逐渐成为了临床和基础研究的另一种选择。

然而现有技术是采用血液作为样本进行核酸抽提后进行全基因组高通量测序检测，需要对检测者进行抽血后检测，属于微创检测。

发明内容

本发明旨在提供一种自动提取口腔黏膜核酸进行全基因组高通量测序的方法，提供一种自动化程度高的无创检测方法。

为了实现上述目的，本发明提供了一种提取口腔黏膜核酸进行全基因组高通量测序的方法，包括如下步骤：

步骤1：在采集的口腔黏膜样本中加入GT Buffer和蛋白酶K依次进行提取、裂解、离心后，采用全自动核酸纯化仪进行抽提纯化，获得样本gDNA；

步骤2：将样本gDNA进行PCR片段化、末端修复加A，获得加A后的gDNA；

步骤3：将加A后的gDNA与接头连接，获得连接产物；

步骤4：将上述连接产物进行纯化后，采用高通量测序仪上机测序。

优选地，所述步骤1中裂解的温度为65℃，时间为≥30min。

优选地，所述步骤2中样本gDNA进行PCR片段化的反应体系包括：35μlDNA 、5μl 10×KAPA Frag Buffer和10μl KAPA Frag Enzyme；其中，35μl的DNA包括样本gDNA50-200ng和余量的PCR级水。

优选地，所述步骤2中末端修复加A的反应体系包括：50μl的PCR片段化产物、7μlKAPA End RepairA-Tailing Buffer和3μl KAPA HyperPlus End RepairA-TailingEnzyme Mix。

优选地，所述步骤3中采用的接头为KAPA Unique Dual-Indexed Adapter，所述接头连接的反应体系包括：加A后的gDNA 60μl、KAPA Unique Dual-Indexed Adapter 5μl、PCR-grade water 5μl、Ligation Buffer 30μl和DNA Ligase 10μl。

优选地，所述步骤4中采用磁珠法对连接产物进行纯化。

本发明还提供了一种提取口腔黏膜核酸进行全基因组高通量测序的试剂盒，包括以下组分：

提取试剂：用于提取口腔黏膜样本中的核酸所用到的试剂；