[发明专利]与海雀稗耐黑痣病性状相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明属于分子生物技术领域，公开了一种与海雀稗耐黑痣病性状相关的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，其中，SEQ ID NO.1所示序列的第401bp处存在G/T突变。本发明通过172份海雀稗种质的重测序数据，结合12个月海雀稗田间黑痣病发病情况作为质量性状进行全基因组关联分析，定位筛选出与耐黑痣病相关的分子标记，该分子标记对海雀稗耐黑痣病的调控起着关键作用，可用作图位克隆和分子标记辅助选择，快速预测或鉴定其黑痣病的抗性，可有效筛选得到强耐黑痣病的海雀稗品种，加速海雀稗育种进程。

技术领域

本发明属于分子生物技术领域，具体涉及一种与海雀稗耐黑痣病性状相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

海雀稗(Paspalum vaginatum Sw.)又称海滨雀稗或夏威夷草，是被子植物门单子叶植物纲禾本科黍族雀稗属的多年生草本植物，主要分布于热带和亚热带的海滨地区，有长势发达的匍匐茎和根茎，叶片线形或狭披针形，其形成的草坪均一致密、色泽墨绿，是绿地草坪和运动场草坪的优良草种。2017年底，在以1m×1m地块活体种植并保存于海南大学儋州校区海雀稗种质资源圃的海雀稗发生了黑痣病大爆发，在叶片的上面和叶背出现小的圆形、卵形、或长形黑斑，其外有黄色晕圈。叶片衰老时，黑斑周围仍保持绿色，黑斑稍隆起，有光泽，大小约1.5～11mm×0.3～1.0mm，资源圃海雀稗样本中有将近80％发病，经鉴定该病害致病病原菌是黑痣菌属的一个小种。

黑痣病广泛分布于各地，可寄生在大多数草坪草种上，病株叶片上下表面出现小的、黑色、环形至卵圆形的痣状病斑。病斑周围有褪绿的晕圈，但随着病斑的增大，这些晕圈通常会消失。发病严重的草坪呈现黄绿斑驳或亮黄色景象。当叶片衰老时，病斑周围组织往往仍会保持绿色，其保绿时间比健康组织还要长，呈绿岛状。黑痣病病原菌是以假子座中的子囊壳越冬，春季形成子囊孢子释放，侵染新生叶片。筛选高抗黑痣病的海雀稗品种，可以减少草坪用药，提高草坪美观有重要的意义。

全基因组关联分析(Genome wide association study，GWAS)是以连锁不平衡(LD)为基础，对多个个体在全基因组范围的遗传变异(标记)多态性进行检测，获得基因型，进而将表型数据与基因型数据进行群体水平的统计分析。以SNP(single nucleotideploymorphism)单核苷酸多态性为分子遗传标记，进行全基因组水平上的相关性分析，成为研究复杂农艺性状遗传变异的一种新策略。与传统的连锁分析(linkage analysis)相比，GWAS具有分辨率高、变异位点丰富、时间快的特点。

发明内容

有鉴于此，本发明目的在于提供一种与海雀稗耐黑痣病性状相关的SNP分子标记，用于图位克隆和分子标记辅助选择，实现强耐黑痣病性状的海雀稗品种的有效筛选，加速海雀稗育种进程。

为了实现上述目的，本发明的技术方案具体如下：

本发明第一方面提供了一种与海雀稗耐黑痣病性状相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其中，SEQ ID NO.1所示序列自5’端起第401位碱基为SNP位点，所述SNP位点存在G/T突变，所述SNP位点位于海雀稗基因组第010号染色体第24998738位核苷酸，故将该分子标记命名为Pv.chr10:p24998738。

所述SNP分子标记具体通过以下步骤获得：

a)利用收集来自国内外存在遗传性差异的179份海雀稗构成关联群体；

b)采用CTAB方法提取关联群体的每份材料的叶片总DNA，然后用对群体的DNA进行重测序鉴定群体SNP基因型信息；

c)通过对SNP数据质量过滤筛选高质量群体SNP数据集；

d)连续1年监控179份海雀稗材料的黑痣病抗性表型数据；