[发明专利]一种东星斑分子溯源选择育种方法及其应用

权利要求书

1.一种东星斑分子溯源选择育种方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1.建立全基因重测序文库：测定已连续培育多代东星斑的各代个体生长相关性状，然后取各代个体的尾鳍或鳃丝组织，分别提取总DNA，建立全基因重测序文库，随后进行测序分析；

S2.建立单倍型库：对步骤S1测序分析后的reads进行整理和裁剪，然后比对到已有东星斑参考基因组上，对reads进行质量检测，删除掉低质量reads并对其进行多态性位点检测分型，确定单核苷酸多态性位点分型信息，合并前述处理产生的文件，对所有高深度测序个体多态性位点分型信息进行过滤，去除高缺失率的基因型和样本，构建单倍型数据库，对低深度测序个体进行基因型填充；

所述整理和裁剪为 (1)去除数据质量参数小于30的碱基；（2）去除带有部分接头的二聚体序列；（3）去除长度小于36 bp的reads；

所述高深度测序的测序深度为20×的东星斑个体基因组；所述高缺失率为缺失率≥10%；

所述低深度测序的测序深度为5×的东星斑个体基因组；

S3.分子溯源鉴定亲缘关系：合并步骤S2处理后的各代测序个体的vcf文件，过滤数据，计算不同代个体间的亲缘关系指数，推断不同代个体之间的亲缘关系，筛选出系谱关系可以溯源出F0祖本和F1父母本个体的F2代个体；

所述过滤数据为去除可信度低和质量低的SNP位点信息，即基因缺失率≥10%或次等位基因频率≤5%的SNP位点信息；

所述亲缘关系指数的计算为根据SNP位点的连锁不平衡，以基因频率、期望杂合度为基础计算个体间的亲缘关系；

S4.连续多代群体的鉴定评估及筛选：根据步骤S3溯源出F0、F1亲本个体和F2代个体的亲缘关系、基因型矩阵和表型性状进行育种值和遗传力评估；

育种值评估系统具体如下：首先构建评估群体亲缘关系矩阵，剔除环境效应和部分遗传效应的偏差，然后对动物个体加性效应即育种值做无偏估计，最后应用于PGBLUP比较验证育种值和遗传力的准确度；

育种值评估系统的核心模型为：；

其中，y是观察值，即动物性状表型值，b是固定效应，u是遗传效应，e是随机残差，X和Z分别为环境效应和遗传效应的关联矩阵；

育种值和遗传力的准确度评估核心模型：；

其中，a为评估的准确度；r为育种值与实际测量表型值的相关性系数，y1和yz分别为个体性状的育种值和表型值；h为遗传力平方根；

S5.筛选优质亲本：将步骤S4所得到的育种值与步骤S3得出的亲缘关系以及个体的生长相关性状一一关联对应，综合分析测序后的全基因重测序文库，筛选出性状优良且遗传稳定的F2代个体作为亲本繁育F3代群体。

2.如权利要求1所述的东星斑分子溯源选择育种方法，其特征在于，所述生长相关性状包括体重、体长、体高、体宽。

3.如权利要求1-2任一项所述的东星斑分子溯源选择育种方法在鱼类选育工作中的应用；所述鱼类包括：东星斑、杉斑、虎斑和老鼠斑。