[发明专利]与母猪产死胎性状相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明属于猪分子标记技术领域，具体涉及与母猪产死胎性状相关的SNP分子标记及其应用。本发明利用基因芯片技术进行基因分型，基于SNP分子标记进行全基因组关联分析，该分析筛选出6个与大白猪母猪产死胎性状相关的SNP分子标记位点。所述SNP分子标记位点分别位于母猪15号染色体的SLC4A10基因片段。本发明为母猪产死胎性状提供了新的SNP分子标记资源，并可在母猪遗传育种的标记辅助选择中应用。

技术领域

本发明属于猪分子标记技术领域，具体涉及一种与母猪产死胎性状相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

在我国，猪肉产量和销量位居世界前列，受疫病影响导致生猪存栏量及可繁母猪存栏量显著降低，在这种局势下，提高母猪繁殖性能显得尤为重要。繁殖性状是母猪重要经济性状之一，针对影响目标性状的分子标记位点实施分子育种，能够有效提高育种效率及母猪的繁殖性能(王源，2018)。近年来高通量测序技术、基因芯片技术发展迅速，这些相关技术的发展也作为实施高效育种方法来提高母猪繁殖性能的前提和基础(Hickey et al，2017)，且评估发现用全基因组测序数据填充SNP分子标记芯片数据能提高基因组选择等相关分析的准确性(李勇等，2022)。目前全基因组关联分析已成为标记辅助育种的重要手段之一，通过关联分析从全基因组范围内筛选出控制母猪繁殖性状的重要变异位点，为揭示其相关遗传机理提供理论依据，从而达到辅助育种及改善母猪繁殖性能的目的(赵德胜等，2018)。然而，大多数对母猪繁殖性状的研究致力于增加窝产仔数，与此同时容易忽略了仔猪出生时的存活率。Ding等人基于基因芯片数据对美系杜洛克和加系杜洛克的窝性状进行全基因组关联分析，发现位于7号染色体上存在一个显著关联的多效性SNP，同时影响美系杜洛克的产死胎数和初生仔猪存活率(Ding et al，2021)。Verardo等人对大白猪产死胎数和乳头数进行全基因组关联分析，分析结果得出有18个SNP与产死胎数显著相关，并找到7个影响大白猪产死胎数的候选基因(Verardo et al，2016)。

本发明使用GMAT软件中的uvlmm分析模块进行全基因组关联分析(Wang et al，2020)，筛选出与母猪产死胎性状显著相关的SNP分子标记位点。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术的缺陷，利用基因芯片技术进行基因分型，与母猪产死胎性状进行全基因组关联分析，筛选出6个与母猪产死胎性状显著相关的SNP，为母猪繁殖性状提供了新的SNP分子标记资源。

为了实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

申请人通过全基因组关联分析筛选得到与母猪产死胎性状显著相关的SNP分子标记，并依据Ensmble数据库猪11.1版本参考基因组得到每个SNP上下游100bp的核苷酸序列，具体如下：

含有SNP1标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1和2所示，SNP1标记位于所述序列的第101位，对应于猪基因组15号染色体第68424849位，对应的基因为SLC4A10，多态性位点为C或T；该位点的基因型为TT时，母猪拥有高的产死胎率；

含有SNP2标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.3和4所示，SNP2标记位于所述序列的第101位，对应于猪基因组15号染色体第68442233位，对应的基因为SLC4A10，在dbSNP数据库中的登录号为rs341306021，多态性位点为T或C；该位点的基因型为CC时，母猪拥有高的产死胎率；

含有SNP3标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.5和6所示，SNP3标记位于所述序列的第101位，对应于猪基因组15号染色体第68516011位，对应的基因为SLC4A10，多态性位点为G或A；该位点的基因型为AA时，母猪拥有高的产死胎率；