[发明专利]使用机器学习和高维转录数据的诊断系统和方法

权利要求书

1.一种检测肺组织样品是呈普通型间质性肺炎(UIP)阳性还是呈非普通型间质性肺炎(非UIP)阳性的方法，其包括：

测定受试者的测试样品中第一组转录物和第二组转录物各自的表达水平，其中该第一组转录物包含与在UIP中表达过度且列于表5、7、9、10、11、和12任一个中的基因中的任一个相对应的一个或多个序列，并且该第二组转录物包含与在UIP中表达不足且列于表5、8、9、10、11、或12任一个中的基因中的任一个相对应的一个或多个序列；并且

将该第一组转录物和该第二组转录物各自的表达水平与相应转录物的参考表达水平进行比较，从而(1)如果与该参考表达水平相比时存在(a)相对应于该第一组的表达水平的增加和/或(b)相对应于该第二组的表达水平的降低，则将所述肺组织分类为普通型间质性肺炎(UIP)，或者(2)如果与该参考表达水平相比时存在(c)相对应于该第二组的表达水平的增加和/或(d)相对应于该第一组的表达水平的降低，则将该肺组织分类为非普通型间质性肺炎(非UIP)。

2.一种检测肺组织样品是呈普通型间质性肺炎(UIP)阳性还是呈非普通型间质性肺炎(非UIP)阳性的方法，其包括：

通过测序、阵列杂交、或核酸扩增来测定来自受试者肺组织的测试样品中第一组转录物和第二组转录物各自的表达水平，其中该第一组转录物包含与在UIP中表达过度且列于表5、7、9、10、11、和12任一个中的基因中的任一个相对应的一个或多个序列，并且该第二组转录物包含与在UIP中表达不足且列于表5、8、9、10、11、或12任一个中的基因中的任一个相对应的一个或多个序列；并且

将该第一组转录物和该第二组转录物各自的表达水平与相应转录物的参考表达水平进行比较，从而(1)如果与该参考表达水平相比时存在(a)相对应于该第一组的表达水平的增加和/或(b)相对应于该第二组的表达水平的降低，则将所述肺组织分类为普通型间质性肺炎(UIP)，或者(2)如果与该参考表达水平相比时存在(c)相对应于该第二组的表达水平的增加和/或(d)相对应于该第一组的表达水平的降低，则将该肺组织分类为非普通型间质性肺炎(非UIP)。

3.一种检测肺组织样品是呈UIP阳性还是呈非UIP阳性的方法，其包括：

测量该样品中表达的两种或更多种转录物的表达水平；并且

使用计算机生成的分类器将该样品分类为UIP和非UIP；

其中将该分类器使用异质谱的非UIP病理学亚型进行训练，该异质谱的非UIP病理学亚型包括HP、NSIP、结节病、RB、细支气管炎、以及机化性肺炎(OP)。

4.权利要求1-3中任一项的方法，其中该测试样品是活检样品或支气管肺泡灌洗样品。

5.权利要求1-3中任一项的方法，其中该测试样品是新鲜冷冻的或固定的。

6.权利要求1-3中任一项的方法，其中该表达水平是通过RT-PCR、DNA微阵列杂交、RNASeq、或其组合确定的。

7.权利要求1-3中任一项的方法，其中该方法包括检测从该测试样品中表达的RNA产生的cDNA。

8.权利要求7的方法，其中在该检测步骤之前，将该cDNA从多种cDNA转录物扩增。

9.权利要求1-3中任一项的方法，其中将该转录物中的一种或多种进行标记。

10.权利要求1-3中任一项的方法，其进一步包括测量该测试样品中至少一种对照核酸的表达水平。