[发明专利]凡纳滨对虾微卫星标记的引物组合及应用

说明书

本发明涉及一种凡纳滨对虾微卫星标记的引物组合及应用，属于分子生物学技术领域，微卫星分子标记的核苷酸序列依次如SEQ ID No.1‑14所示，所述微卫星分子标记引物的核苷酸序列如SEQ ID No.15‑42；微卫星分子标记稳定扩增且具有多态性的，可用于凡纳滨对虾种质资源遗传多样性和遗传结构分析及家系鉴定，为凡纳滨对虾的遗传改良提供新的工具。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种凡纳滨对虾微卫星标记的引物组合及应用。

背景技术

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)又称南美白对虾，其野生群体主要分布于墨西哥至秘鲁太平洋沿岸，具有温度、盐度适应性广，生长速度快，抗病力强等优点。自1988年引入我国并开展养殖以来，凡纳滨对虾已经发展成为我国重要的经济虾类，产量占海水养殖虾类总量的70％。目前，我国已成为世界上凡纳滨对虾养殖产量最高的国家。然后随着养殖产量的增大，随之而来的问题增多，种虾常年累代近交养殖、育种保种技术落后以及病害检验检疫松懈等导致其遗传多样性降低、种质退化严重、病害暴发频繁等现象发生，这对我国对虾养殖业的经济效益及可持续发展造成了严重的影响。因此，在凡纳滨对虾遗传选育过程中，及时评估已有群体的遗传资源现状，认清不同群体甚至个体间的分子遗传背景差异，制定合理配种方案，是优化国内凡纳滨对虾种质的有效途径。

遗传多样性是评估遗传资源状况的有效途径，其中基于微卫星标记的遗传多样性分析是最常用且有效的分子标记方法。微卫星标记凭借其多态性高、信息量多、重复性强、技术难度低等优点，被广泛应用于水产动物的遗传结构分析、种质评价及亲子鉴定等研究。因此在全基因组水平上筛选微卫星标记对于全面系统评估群体的多样性和遗传结构具有十分重要的价值。

发明内容

本发明要解决的技术问题在于提供一种凡纳滨对虾微卫星标记的引物组合及应用，即筛选获得稳定扩增且具有多态性的微卫星分子标记，并应用于凡纳滨对虾群体遗传多样性、遗传结构分析以及家系鉴定等。

本发明首先提供一种凡纳滨对虾微卫星标记的引物组合，所述微卫星分子标记引物的核苷酸序列如SEQ ID No.15-42所示。

进一步，所述凡纳滨对虾多态性微卫星分子标记引物组合对应的微卫星分子标记的名称分别为：Lv01、Lv03、Lv09、Lv12、Lv18、Lv55、Lv99、Lv106、Lv119、Lv1291、Lv1292、Lv3201、Lv3202和Lv1969，微卫星分子标记的核苷酸序列依次如SEQ ID No.1-14所示。

本发明还提供的所述微卫星分子标记引物组合的应用，所述应用为凡纳滨对虾的家系鉴定、遗传多样性及遗传结构分析，其具体的操作方法如下：

(1)提取凡纳滨对虾待检测样品的基因组DNA；

(2)以步骤(1)获得的基因组DNA为模板，利用微卫星分子标记的引物组合进行PCR扩增，获得PCR产物；

(3)对PCR扩增产物进行多态性检测后，根据扩增产物的分子量大小明确凡纳滨对虾个体的基因型，并计算其遗传参数。

进一步，所述对Lv01、Lv18、Lv119和Lv3201位点的上游引物的5’端用FAM进行荧光标记，Lv03、Lv55、Lv1291和Lv3202位点的上游引物的5’端用HEX进行荧光标记，Lv09、Lv99、Lv1292和Lv1969位点的上游引物的5’端用ROX进行荧光标记，Lv12和Lv106、位点的上游引物的5’端用TAMRA进行荧光标记；所述PCR扩增完成后，具有不同5’端荧光标记的Lv01、Lv03、Lv09和Lv12的PCR产物混合到一个PCR管中检测，具有不同5’端荧光标记的Lv18、Lv55、Lv99和Lv106的PCR产物混合到一个PCR管中检测，具有不同5’端荧光标记的Lv119、Lv1291、Lv1292的PCR产物混合到一个PCR管中检测，具有不同5’端荧光标记的Lv3201、Lv3202和Lv1969的PCR产物混合到一个PCR管中检测。