[发明专利]玉米半矮杆基因ZmD13的分子标记及其应用

说明书

本发明公开了玉米半矮杆基因ZmD13的分子标记及其应用。本发明所要保护的一个技术方案是用于检测玉米基因组中SNP1477的多态性或基因型的引物组合物，所述引物组合物由序列表中序列2和序列3所示的两条单链DNA组成；所述SNP1477是玉米基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或T，为序列表中序列1的第1477位核苷酸。本发明所开发的玉米SNP1477位点dCAPS标记，对辅助位点选择具有重要作用，可以用于鉴定玉米是否含有矮秆基因。该dCAPS标记能够准确快速高效地鉴定矮杆基因d13的突变位点基因型，可以应用于玉米株高育种和改良。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，特别涉及玉米半矮杆基因ZmD13的分子标记及其应用。

背景技术

玉米是重要的粮食作物，也是重要的动物饲料和工业原料。在过去的一个世纪中，玉米单位面积产量的增加不仅依靠单株产量的提高，种植密度的增加也是其重要因素。玉米耐密品种应当具备株高适宜、株型紧凑、根系发达、茎秆坚韧、抗逆抗病等性状特征。株高是影响玉米品种耐密性的关键性状之一。合理降低品种株高有利于增强玉米抗倒伏能力，提高种植密度，改善群体通透性，优化光能利用效率，从而实现提高单位面积产量的目标。因此挖掘株高调控基因，选育优良的矮杆品种进行推广和应用，是玉米耐密育种的重要方向。

上个世纪60年代，水稻和小麦矮杆基因rht1和sd1的发掘以及相关矮生衍生系品种的推广应用掀起了一场“绿色革命”，在全世界范围内极大的提高了小麦和水稻的产量。在玉米中，发掘株高调控基因并开发相关功能标记，对于矮杆玉米品种的选育和应用具有重要意义。

SNP标记的验证通常使用桑格(Sanger)测序法，不过价格较高，通量偏低。如果将SNP转化为可以酶切验证的CAPS或dCAPs多态性共显性标记，就可以通过简单的PCR扩增、限制性内切酶切和产物凝胶电泳来高效快速的实现SNP位点检测。由于具有这些优势，CAPS和dCAPs标记技术已成为生物学研究中的重要分子标记技术，在遗传图谱构建、种质鉴定和辅助育种等领域得到广泛应用。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是如何鉴定植物是否含有矮秆基因。

为了解决上述技术问题，本发明首先提供了用于检测玉米基因组中SNP1477的多态性或基因型的引物组合物。所述引物组合物由序列表中序列5和序列6所示的两条单链DNA组成。

所述SNP1477是玉米基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或T，为序列表中序列1的第1477位核苷酸。

上文所述引物组合物中，所述两条单链DNA的摩尔比可相同。

为了解决上述技术问题，本发明还提供了检测玉米基因组中SNP1477位点的多态性或基因型的产品。所述产品含有上文所述的引物组合物。所述SNP1477位点是玉米基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或T，为序列表中序列1的第1477位核苷酸。

上文所述产品可为试剂或试剂盒。

为了解决上述技术问题，本发明还提供了制备上文所述的引物组合物的方法。所述方法可包括将上文所述的两条单链DNA分别单独包装的步骤。

为了解决上述技术问题，本发明还提供了检测玉米基因组中SNP1477位点的多态性或基因型的的方法。所述方法可包括如下步骤：

1)以玉米的基因组DNA为模板，用上文所述的引物组合物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物。

2)将1)中得到的所述PCR扩增产物使用限制性内切酶TaqI进行酶切得到酶切产物，根据所述酶切产物的大小确定所述SNP1477位点的多态性或基因型。

所述SNP1477位点是玉米基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或T，为序列表中序列1的第1477位核苷酸。