[发明专利]基于纳米孔测序的进境植物检疫性病毒鉴定方法及应用

权利要求书

1.一种基于纳米孔测序的进境植物检疫性病毒鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：

构建进境植物检疫性病毒基因组数据库，所述进境植物检疫性病毒基因组数据库包括至少一进境植物检疫性病毒的病毒基因组序列；

利用纳米孔测序技术获取待测样品的纳米孔测序数据，并前处理所述纳米孔测序数据得到分析数据；

初步分类鉴定所述分析数据得到初步鉴定结果，比对所述初步鉴定结果和所述分析数据并过滤得到一致性比对序列，比对所述一致性比对序列和所述进境植物检疫性病毒基因组数据库并过滤得到目标序列，比对所述目标序列和所述一致性比对序列并过滤得到有效鉴定结果。

2.根据权利要求1所述的基于纳米孔测序的进境植物检疫性病毒鉴定方法，其特征在于，包括步骤：基于所述有效鉴定结果生成鉴定报告，所述鉴定报告包含纳米孔测序数据和分析数据的统计结果。

3.根据权利要求1所述的基于纳米孔测序的进境植物检疫性病毒鉴定方法，其特征在于，在“构建进境植物检疫性病毒基因组数据库”步骤中，获取各个进境植物检疫性病毒的基因组测序信息和参考基因组序列，所述基因组测序信息和所述参考基因组序列组成所述病毒基因组序列。

4.根据权利要求1所述的基于纳米孔测序的进境植物检疫性病毒鉴定方法，其特征在于，在“前处理所述纳米孔测序数据得到分析数据”步骤中，将所述纳米孔测序数据转换为Fasta碱基序列文件，过滤低质量测序数据得到所述分析数据。

5.根据权利要求1所述的基于纳米孔测序的进境植物检疫性病毒鉴定方法，其特征在于，在“初步分类鉴定所述分析数据得到初步鉴定结果”步骤中，使用Centrifuge软件及本地数据库对所述分析数据进行分类鉴定，并过滤低鉴定值的分类结果得到所述初步鉴定结果。

6.根据权利要求1所述的基于纳米孔测序的进境植物检疫性病毒鉴定方法，其特征在于，在“比对所述初步鉴定结果和所述分析数据并过滤得到一致性比对序列”步骤中，使用Minimap2软件将所述分析数据与所述初步鉴定结果比对得到比对值，筛选比对值低于比对阈值的比对信息，剩余的比对信息组成所述一致性比对序列。

7.根据权利要求1所述的基于纳米孔测序的进境植物检疫性病毒鉴定方法，其特征在于，在“比对所述一致性比对序列和所述进境植物检疫性病毒基因组数据库并过滤得到目标序列”步骤中，将所述一致性序列片段通过Blast软件与进境植物检疫性病毒基因组数据库比对得到比对值，筛选比对值低于识别阈值的比对信息，剩余的比对信息组成所述目标序列。

8.根据权利要求1所述的基于纳米孔测序的进境植物检疫性病毒鉴定方法，其特征在于，在“比对所述目标序列和所述一致性比对序列并过滤得到有效鉴定结果”步骤中，根据Blast鉴定结果再次使用Minimap2软件将所述分析数据与所述目标序列进行比对得到比对值，筛选比对值低于设定阈值以及碱基长度低于设定阈值的分析数据，得到最终的有效鉴定结果。

9.根据权利要求1所述的基于纳米孔测序的进境植物检疫性病毒鉴定方法，其特征在于，进境植物检疫性病毒包括但不限于小麦线条花叶病毒、S甘蔗线条病毒、马铃薯V病毒、马铃薯A病毒、烟草环斑病毒、南方菜豆花叶病毒、马铃薯帚顶病毒、燕麦花叶病毒、玉米褪绿斑驳毒、玉米褪绿矮缩病毒、可可肿枝病毒、香石竹环斑病毒、菜豆荚斑驳病毒、南芥菜花叶病毒、马铃薯黄矮病毒。

10.一种基于权利要求1到9任一所述的基于纳米孔测序的进境植物检疫性病毒鉴定方法的应用，其特征在于，用于鉴定进境植物检疫性病毒。