[发明专利]一种高产蛋黄羽肉鸡的基因组育种值遗传评估方法

说明书

本发明公开一种高产蛋黄羽肉鸡的基因组育种值遗传评估方法，涉及家禽选育技术领域。该方法包括测定鸡群体重和产蛋数、基因组标记分型、估计基因组标记效应值、计算基因组标记评估指数，计算个体基因组评估指数、选择留种个体等步骤。本发明基于黄羽肉鸡体重和产蛋数基因组标记效应值，解析基因组标记对拮抗效应的影响，制定标记效应评估指数，进而计算个体基因组评估指数，用于决定种用个体选留。本发明适应黄羽肉鸡产蛋性状育种需求，能够保持生长速度增长的基础上，提高鸡群的产蛋量，为拮抗性状的选择提供支持。

技术领域

本发明涉及畜禽基因组大数据遗传评估技术领域，具体涉及一种高产蛋黄羽肉鸡的基因组育种值遗传评估方法。

背景技术

生长和繁殖性状对于黄羽肉鸡育种具有重要意义，生长性状保证黄羽肉鸡的产肉性能，繁殖性状保证黄羽肉鸡的供苗性能。但是生长和繁殖性状是拮抗性状，单选一个性状会导致另外一个性状生产水平降低。

目前，畜禽育种通常采用的方法是对两个拮抗性状赋予不同的权重，达到同时选择两个性状的目的。传统对产蛋性状的选择，容易导致两方面的问题：一方面是体重选择出现瓶颈，甚至生长速度降低，导致产肉性能不稳定。另外一方面是保障了体重增长后，忽略的产蛋性能提升，导致鸡苗供苗提升效率下降。

随着分子生物学和基因组学等学科的兴起，育种选种的理论和实践发生了巨大变化，分子育种应运而生，分子育种结合了分子生物学和传统育种学，建立在分子数量遗传学的基础上，包括分子标记辅助选择育种、转基因育种和分子设计育种。QTL(QuantitativeTrait Locus)是控制数量性状的基因在基因组中的位置，QTL是育种的一种辅助工具，通过定位QTL对性状的相关性，标记QTL分子，能对遗传性状进行追踪，提高了对优良性状的筛选效率。生长和繁殖性状都是复杂性状，同时受到多个基因的控制，拮抗表现是由于同时控制生长和繁殖性状的QTL位点中，有一部分表现为对其中一个性状为正向效应，对另外一个性状为负向效应。直接对这些QTL标记选留，必然造成性状向相反方向发展。

传统的选择方法对个体性状表现整体评估，没有对造成拮抗效应的那部分QTL优化，对拮抗性状的选择效率较低。基因组选择方法是新一代的遗传评估方法，可以利用肉鸡基因组大数据，估计基因组标记的遗传效应，区分具体的拮抗效应位点，使对拮抗QTL位点的选择成为了可能。

发明内容

为了克服现有技术的缺点与不足，本发明的目的在于直接基于基因标记效应值，提出基因标记优化改进方法，对肉鸡进行遗传评估，提供一种高产蛋黄羽肉鸡的基因组育种值遗传评估方法。本发明通过基因组方法计算获得生长和繁殖性状基因标记效应值，然后通过建立拮抗基因位点评估模型，制定个体遗传评估指数，以达到同时提高黄羽肉鸡生长和繁殖性能的目的。本发明为黄羽肉鸡繁殖性能的选育工作提供了必要的方法，本发明可在黄羽肉鸡产蛋性状选育和产蛋品系培育工作中推广应用。

为实现上述技术目的，本发明技术方案如下：

一种高产蛋黄羽肉鸡的基因组育种值遗传评估方法，所述方法包括以下步骤：

步骤1，测定鸡群体重和产蛋数：在上市日龄，测定待评定鸡群体重，记录65周产蛋总数；

步骤2，估计基因标记遗传效应值：以鸡群基因组标记信息为基础，同时估计体重和产蛋基因标记效应值；

步骤3，建立基因标记效应评估指数：以步骤2中估计的体重和产蛋基因标记效应值为基础，通过以下模型计算个体评估指数，