[发明专利]与牛血小板生成相关的SNP标记位点与应用

说明书

本发明涉及与牛血小板生成相关的SNP标记位点及其应用，属于基因工程领域。该SNP标记位于牛第1号染色体THPO基因第4内含子1316 bp处，G1316T位点（chr1：83431707），碱基变异信息为TG；GG基因型个体血小板数（PLT）极显著高于GT和TT基因型个体（P0.01），其余指标差异不显著，表明GG基因型可增加血小板数；GG基因型个体的低氧耐受和高原适应能力显著高于GT或TT基因型个体。本发明提供的与牛血小板生成和低氧耐受相关的THPO基因上的SNP位点可作为牛低氧耐受和或选育耐高原低氧环境牛的分子标记，同时对牛特色基因的保存和利用也具有重要意义。

技术领域

本发明属于基因工程领域，具体的说，涉及与牛血小板生成相关的SNP标记位点及其应用。

背景技术

THPO是调节血小板生成的主要细胞因子。该因子控制巨核系祖细胞的增殖和分化，对于产生和维持正常水平的血小板生成是必不可少的。THPO产生的主要来源是肝脏(在肝细胞中)、肾脏(在曲管细胞中)、骨髓(在基质细胞中)和脾脏，在骨骼肌、卵巢和睾丸中也检测到THPO基因的表达。此外，可能受到局部限制，这种细胞因子也在中枢神经系统(CNS)中产生。THPO基因位于染色体3q2上，编码一个由353个氨基酸组成的糖蛋白，分子量为30kDa，从结构上看，成熟的THPO呈现两个结构域(Fosteret al.1994)。人THPO功能区(hTHPO(163))的晶体结构由N端163个氨基酸组成，有一个氨基末端的四股螺旋束结构域(残基1-152)，它具有受体结合能力、信号活性和支持细胞增殖的作用；此外，还有一个羧基末端结构域(残基153-335)，它与任何已知的蛋白质没有同源性，虽然它的缺失不会影响蛋白质的体外活性，但它可以促进分子的分泌，并控制THPO经肠外给药后的生物利用度，且THPO表达失调与心血管疾病和血液疾病有关。

牦牛和藏黄牛是分布于青藏高原及其毗邻地区的土著畜种，是牛属动物中能适应高寒、高海拔气候的珍稀遗传资源。与低地黄牛相比，牦牛和藏黄牛能很好的适应青藏高原极度缺氧等恶劣的自然环境，并在生理、生化和形态学上形成了稳定的适应高原低氧的独特特征和机制，被认为是研究哺乳动物高原适应性的典型动物。近几年，通过对高原土著居民和高原动物的研究，已发掘了许多低氧适应相关基因，但目前国内对THPO基因在动物低氧适应上的作用未见相关报道。

发明内容

基于现有技术背景，本发明提供了与牛血小板生成相关的SNP标记位点及其及其特异性引物与应用。

为实现上述目的，本发明是通过如下技术方案实现的：

本发明提供了与牛血小板生成相关的SNP标记位点，该SNP标记位点位于牛第1号染色体THPO基因第4内含子1316bp处，G1316T位点(chr1：83431707)，碱基变异信息为TG；该位点GG基因型个体血小板数(PLT)极显著高于GT或TT基因型个体，GG基因型个体的低氧耐受和高原适应能力显著高于GT或TT基因型个体。

上述SNP标记位点在检测牛高原适应能力或选育耐高原低氧环境的牛中的应用。

上述SNP标记位点在制备检测牛高原低氧环境适应性或选育耐高原低氧环境牛的试剂盒中的应用。

本发明还提供了一种检测牛低氧环境适应性的方法：以待测牛的全基因组DNA为模板，检测上述SNP 标记位点；若该位点为GG基因型，则待测牛的低氧耐受和高原适应能力较好，判定为低氧耐受优势型；若该位点为GT或TT基因型，则待测牛的低氧耐受和高原适应能力较弱，判定为低氧耐受劣势型。

本发明还提供了一种选育耐高原低氧环境牛的方法，通过检测上述SNP标记位点，选择THPO基因 G1316T位点基因型为GG型的个体作为育种亲本。