[发明专利]一种新型冠状病毒全基因组序列的扩增引物及扩增方法

说明书

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种新型冠状病毒全基因组序列的扩增引物及扩增方法。为解决现有扩增方法成本高、耗时长、难度高等问题，本发明设计36对引物，并利用所述36对扩增引物进行PCR扩增，使用质量浓度为1％琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，使用PCR扩增引物进行双端测序，测序序列使用DNASTAR软件包的SeqMan进行拼接。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种新型冠状病毒全基因组序列的扩增引物及扩增方法。

背景技术

本发明围绕新冠肺炎患者鼻咽拭子等上呼吸道样品中病毒载量低、难以扩增病毒全基因组序列的问题，采用巢式PCR方法提高病毒基因组扩增的效率，在同一反应管不开盖即可完成整个巢式PCR反应，避免了反应管开盖操作可能导致的交叉污染，保证了方法的准确性。现有基于高通量测序的病毒基因组扩增方法具有成本高、耗时长、依赖特殊测序设备、需要高通量测序专业操作人员和数据分析人员等弊端，不利于在一线疾控、科研部门推广。

发明内容

针对上述问题本发明提供了一种新型冠状病毒全基因组序列的扩增引物及方法。

为了达到上述目的，本发明采用了下列技术方案：

一种新型冠状病毒全基因组序列的扩增引物，包括36对引物对：

第1对引物的上游引物为：5’-TGCTTAGTGCACTCACGCAG-3’，下游引物为：5’-GCCACAAAATTCGCAAGTGGC-3’；

第2对引物的上游引物为：5’-GATCTGTCTATCCAGTTGCGTCACC’，下游引物为：5’-TGTACAATCCCTTTGAGTGCGTGAC-3’；

第3对引物的上游引物为：5’-GTTCAGTTGACTTCGCAGTGGC-3’，下游引物为5’-CCTGCAACACCTCCTCCATG-3’；

第4对引物的上游引物为：5’-CCTGTGTTGTGGCAGATGCTGTC-3’，下游引物为：5’-AACCCTGACCCGGGTAAGTGG-3’；

第5对引物的上游引物为：5’-CCAGATTCTGCCACTCTTGTTAGTGAC-3’，下游引物为：5’-GGCAAGATAACAGTTGTTATCTGCCCA-3’；

第6对引物的上游引物为：5’-CCACACGCAAGTTGTGGACATGTC-3’，下游引物为：5’-CCACCACATCACCATTTAAGTCAGGG-3’；

第7对引物的上游引物为：5’-GATGTCAGCACCACCTGCTCAGTATG-3’，下游引物为：5’-CCACCACATCACCATTTAAGTCAGGG-3’；

第8对引物的上游引物为：5’-AAGTCAGAGGACGCGCAGG-3’，下游引物为：5’-CTAACCATAGCTGAAATCGGGGCC-3’；

第9对引物的上游引物为：5’-GCTTTTGGCTTAGTTGCAGAGTGG-3’，下游引物为：5’-GCTACCTGCGCATTAATATGACGC-3’；

第10对引物的上游引物为：5’-GGTGATAGTGCGGAAGTTGCAG-3’，下游引物为：5’-GGCAAGGCATGTTACTACGATAGCTAC-3’；

第11对引物的上游引物为：5’-CCTGGTTTGCCTGGCACGAT-3’，下游引物为：5’-GGTGCAGATCACATGTCTTGGACAG-3’；

第12对引物的上游引物为：5’-GAAGAAGCTGCGCTGTGCACC-3’，下游引物为：5’-GTCCACACTCTCCTAGCACCATCATC-3’；