[发明专利]维奈托克耐药性急性髓细胞性白血病的受试者特异性治疗

权利要求书

1.鉴定将对使用维奈托克(venetoclax)与阿扎胞苷(azacitidine)的组合的治疗有抗性的患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者的方法，所述方法包括：

a)测量从来自所述受试者的生物样品中分离的多个白血病细胞中至少10种基因的表达水平，

其中所述至少10种基因选自AVP、AZU1、C1QA、C1QB、CCL2、CCL4、CCL7、CENPF、CLC、CTSG、CTSL、DEFA3、DEFA4、DEFB1、DLK1、DNTT、ELANE、FCER1A、FCGR3A、FN1、G0S2、GNLY、HBD、HPGD、IFI27、IFIT2、IFIT3、LTF、MKI67、MPO、MS4A2、MT1G、MT2A、POU4F1、PPBP、PPP1R27、PRG2、PRSS2、PRTN3、RNASE1、S100A8、S100A9、S100A12、SERPINB2、TCN1、THBS1、TOP2A、TPSAB1、TPSB2和UBE2C；

b)基于步骤(a)中测得的表达水平将测量的细胞分类为对使用维奈托克与阿扎胞苷的组合的治疗有抗性或将测量的细胞分类为对使用维奈托克与阿扎胞苷的组合的治疗有反应；

c)确定所述多个白血病细胞中分类为对使用维奈托克与阿扎胞苷的组合的治疗有抗性的白血病细胞的百分比；

d)将来自步骤(c)的百分比与预定的截止百分比进行比较；和

e)当来自步骤(c)的百分比大于预定的截止百分比时，鉴定所述受试者将对使用维奈托克与阿扎胞苷的组合的治疗有抗性。

2.权利要求1所述的方法，其中基于步骤(a)中测得的表达水平将测量的细胞分类为对使用维奈托克与阿扎胞苷的组合的治疗有抗性或将测量的细胞分类为对使用维奈托克与阿扎胞苷的组合的治疗有反应包括：

i)基于所述至少10种基因的表达水平来确定评分，其中使用机器学习分类器确定所述评分；

ii)将步骤(i)中确定的所述评分与预定的截止值进行比较；和

iii)在所述评分大于或等于所述预定截止值时将所述细胞分类为对使用维奈托克与阿扎胞苷的组合的治疗有抗性，或在所述评分小于所述预定截止值时将所述细胞分类为对使用维奈托克与阿扎胞苷的组合的治疗有反应。

3.权利要求1所述的方法，其中基于步骤(a)中测得的表达水平将测量的细胞分类为对使用维奈托克与阿扎胞苷的组合的治疗有抗性或将测量的细胞分类为对使用维奈托克与阿扎胞苷的组合的治疗有反应包括：

i)基于所述至少10种基因的表达水平来确定评分，其中使用机器学习分类器确定所述评分；

ii)将步骤(i)中确定的所述评分与预定的截止值进行比较；和

iii)在所述评分小于或等于所述预定截止值时将所述细胞分类为对使用维奈托克与阿扎胞苷的组合的治疗有抗性，或在所述评分大于所述预定截止值时将所述细胞分类为对使用维奈托克与阿扎胞苷的组合的治疗有反应。

4.权利要求2或权利要求3所述的方法，其中所述机器学习分类器使用在至少两个训练样品中测量的所述至少10种基因的表达水平来训练和验证，

其中至少两个训练样品中的至少一个包含从对使用维奈托克与阿扎胞苷的治疗有反应的受试者中分离的白血病细胞，并且

其中至少两个训练样品中的至少一个包含从对使用维奈托克与阿扎胞苷的治疗有抗性的受试者中分离的白血病细胞。

5.前述权利要求任一项所述的方法，其中步骤(a)包含测量所述多个白血病细胞中至少25种基因的表达水平，其中所述至少25种基因选自AVP、AZU1、C1QA、C1QB、CCL2、CCL4、CCL7、CENPF、CLC、CTSG、CTSL、DEFA3、DEFA4、DEFB1、DLK1、DNTT、ELANE、FCER1A、FCGR3A、FN1、G0S2、GNLY、HBD、HPGD、IFI27、IFIT2、IFIT3、LTF、MKI67、MPO、MS4A2、MT1G、MT2A、POU4F1、PPBP、PPP1R27、PRG2、PRSS2、PRTN3、RNASE1、S100A8、S100A9、S100A12、SERPINB2、TCN1、THBS1、TOP2A、TPSAB1、TPSB2和UBE2C。