[发明专利]用于从无细胞DNA中推断基因表达和起源组织的系统和方法

权利要求书

1.一种用于通过推断而确定目的基因表达的方法，所述方法包含：

(i)获得用于分析的生物样品，所述生物样品包含循环细胞游离DNA；

(ii)由所述细胞游离DNA构建文库；

(iii)使选择器与所述文库杂交；

(iv)捕获所述选择器杂交的文库组分；

(v)对所杂交选择的文库组分进行测序；

(vi)计算所述序列的启动子片段熵；

(vii)计算所述序列的核小体缺失区域深度；

(viii)整合步骤(v)和(vi)的结果，以产生指示所述基因的表达水平的度量；

其中，步骤(vi)至(viii)由计算机执行，所述计算机包含软件组件，所述软件组件作为可由计算机执行的指令的程序用于数据分析。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述选择器包含来自表2的多个选择器序列。

3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述选择器选自ABC、GCB、阳性对照、阴性对照和DLBCL路径类别。

4.根据权利要求3所述的方法，其中，所述选择器选自LUAD、LUSC、阳性对照和阴性对照类别。

5.根据权利要求4或5所述的方法，其中，选定的所述选择器包含表2中它们各自类别内的全部选择器。

6.根据权利要求4所述的方法，其中，所述选择器是FOLR1_3、ITGA3_1、LRRC31_1、MACC1_1、NKX2-1_2、SCNN1A_2、SFTPB_2、WFDC2_1、CLDN1_1、FSCN1_1、GPC1_1、KRT17_1、PFN2_1、PKP1_1、S100A2_1、SFN_1、SOX2_2、TP63_2。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中，从患有癌症的个体获得所述生物样品。

8.根据权利要求7所述的方法，其中，所述癌症是非小细胞肺癌、小细胞肺癌、腺癌、鳞状细胞癌、弥漫性大B细胞淋巴瘤、肝癌、基底细胞癌、淋巴瘤或黑色素瘤。

9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中，在免疫检查点抑制剂治疗之前，获得所述循环细胞游离DNA样品。

10.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中，在第一次免疫检查点抑制剂治疗的4周内，获得所述循环细胞游离DNA样品。

11.根据权利要求7所述的方法，其中，如果预测具有持久的临床益处，则用免疫检查点抑制剂治疗所述患有癌症的个体，并且如果未预测具有持久的临床益处，则用非免疫检查点抑制剂疗法来治疗所述患有癌症的个体。

12.根据权利要求9至11中任一项所述的方法，其中，所述免疫检查点抑制剂是PD-1或PD-L1抑制剂。

13.根据权利要求7至12中任一项所述的方法，其中，如果所述个体被诊断为患有特定癌症，则治疗所述个体的所述癌症。

14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中，所述生物样品是非侵入性获得的血液样品。

15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中，所述测序处于2000x或更大的深度处。

16.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其中，在计算机上实现一个或多个步骤，所述计算机包含软件组件，所述软件组件被配置用于分析通过所述方法获得的数据。