[发明专利]用于基因分型的试剂盒

说明书

本发明涉及试剂盒的示例，其包括流通池和基因分型探针流体。流通池包括基底，以及附接到基底的第一捕获引物和第二捕获引物。基因分型探针流体包括液体载体和液体载体中的基因分型寡核苷酸。基因分型寡核苷酸包括第一引物序列；表示靶基因分型基因座的探针序列；限制性核酸内切酶位点；和第二引物序列，所述第二引物序列与所述第二捕获引物至少部分互补。

相关申请的交叉引用

本申请要求2020年2月26日提交的美国临时申请序列号62/981,866的权益，该临时申请的内容全文以引用方式并入本文。

序列表的参考

通过EFS-Web提交的序列表在此以引用的方式整体并入本文。文件名称是ILI184BPCT_IP-1897-PCT_Sequence_Listing_ST25.txt，文件的大小为788字节，并且文件的创建日期为2020年12月29日。

背景技术

特定核酸的检测可以用于诊断医学和分子生物学研究。基因探针测定可用于例如识别感染性生物体，诸如细菌和病毒；用于探测正常和突变基因的表达并鉴定突变基因，如癌基因；用于针对组织移植之前的相容性分型组织；用于匹配用于法医学的组织或血液样品；以及用于探索来自不同物种的基因之间的同源性。

发明内容

本文公开了基因分型寡核苷酸，其包括特定核苷酸序列区段，所述特定核苷酸序列区段被设计成在簇形成、线性化、靶基因座鉴定和/或测序中具有指定功能。基因分型寡核苷酸能够在非图案化或图案化的流通池上进行基因分型，并且不涉及额外的固定组分。

本文所公开的第一方面是一种试剂盒，该试剂盒包括流通池，该流通池包括基底；和连接到所述基底的第一捕获引物和第二捕获引物；和基因分型探针流体，所述基因分型探针流体包括：液体载体；和所述液体载体中的基因分型寡核苷酸，所述基因分型寡核苷酸包括：第一引物序列；表示靶基因分型基因座的探针序列；限制性核酸内切酶位点；和第二引物序列，所述第二引物序列与所述第二捕获引物至少部分互补。

应当理解，本文所公开的试剂盒的任何特征可以任何期望的方式和/或构型组合在一起，以实现如本公开所述的益处，包括例如实现对流通池的基因分型。

本文公开的第二方面是一种方法，其包括：将基因分型探针流体引入包括第一捕获引物和第二捕获引物的流通池，所述基因分型探针流体包括多个基因分型寡核苷酸，所述基因分型寡核苷酸中的每个基因分型寡核苷酸包括：第一引物序列；表示相应靶基因分型基因座的探针序列；限制性核酸内切酶位点；和第二引物序列，所述第二引物序列与所述第二捕获引物至少部分互补；由此相应的基因分型寡核苷酸反应以产生来自相应基因分型寡核苷酸的扩增子的相应克隆群体；使所述扩增子线性化以产生探针模板；对所述探针模板的至少一个探针识别区段进行测序以识别所述探针序列中的每个探针序列；从所述探针模板中去除至少相应的新生链，由此所述探针模板的末端处的3'OH基团被暴露；将相应样品与所述探针模板杂交；以及在暴露的3'OH基团处执行样品的相应基因分型反应。

应当理解，方法的任何特征可以任何期望的方式组合在一起。此外，应当理解，该方法和/或该试剂盒的特征的任何组合可一起使用，和/或与本文所公开的任何示例组合以实现如本公开所述的益处，包括例如对流通池实现基因分型。

附图说明

通过参考以下具体实施方式和附图，本公开的示例的特征将变得显而易见，其中类似的附图标号对应于类似但可能不相同的部件。为了简洁起见，具有先前描述的功能的附图标号或特征可结合或可不结合它们出现的其他附图来描述。

图1A是本文公开的基因分型寡核苷酸的示例的示意图；

图1B是本文公开的基因分型寡核苷酸的另一示例的示意图；

图2A是流通池的实施例的顶视图；