[发明专利]一种与青蒿素含量连锁的SNP位点及其应用

说明书

本发明公开了一种与青蒿素含量连锁的SNP位点及其应用，所述SNP位点位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的115bp处，多态性为A/T。本发明利用与青蒿素连锁的特异性SNP位点，结合KASP检测技术，解决传统分子标记辅助育种中的技术问题，无需琼脂糖凝胶电泳，可快速、准确、高效、高通量的鉴定黄花蒿中青蒿素的含量水平，加快高青蒿素含量材料的选育过程。

技术领域

本发明属于农业分子生物学领域，具体涉及一种与青蒿素含量连锁的SNP位点及其应用。

背景技术

疟疾是严重危害人类健康的全球性疾病之一，据世界卫生组织统计，每年全球发病人数达2-3亿，年平均死亡人数达30-50万。随着以青蒿素为基础的联合疗法(artemisinin-based combination therapy，ACT)的应用，近十年的疟疾发病率和死亡率均呈下降趋势，其中重灾区非洲下降尤为明显。

药用植物黄花蒿是青蒿素的唯一天然来源，也是目前最主要的来源。青蒿素的生物合成过程属于类异戊二烯代谢合成途径，由细胞质中的甲羟戊酸(mevalonic acid，MVA)途径和质体中的甲基赤藓醇-4-磷酸(methylerythritol phosphate，MEP)途径提供异戊烯基焦磷酸(isopentenyl diphosphate，IPP)，经催化后生成法尼基焦磷酸(farnesyldiphosphate，FPP)。FPP经紫穗槐二烯合成酶(amorpha-4,11-diene synthase，ADS)催化生成紫穗槐二烯。紫穗槐二烯经过3步由细胞色素P450单氧化酶(cytochromeP450monooxygenase，CYP71AV1)催化的反应，分别形成青蒿醇、青蒿醛和青蒿酸。青蒿醛可在青蒿醛双键还原酶[artemisinic aldehyde delta-11(13)reductase，DBR2]的催化下形成二氢青蒿醛。二氢青蒿醛可以被醛脱氢酶1(aldehyde dehydrogenase 1，ALDH1)催化形成青蒿素的直接前体二氢青蒿酸。同时，青蒿醛也会在CYP71AV1和ALDH1的催化下生成青蒿酸。从二氢青蒿酸到青蒿素，以及青蒿酸到青蒿素B的转化被认为是非酶促的光氧化反应。目前，已有研究表明，ADS、CYP71AV1、DBR2和ALDH1基因的过表达可显著提高青蒿素含量,可达对照组的2-3倍。在青蒿素生物合成过程中，控制关键酶ADS、CYP71AV1、DBR2和ALDH1合成的基因起着至关重要的作用。

寻找与ADS、CYP71AV1、DBR2和ALDH1基因连锁的SNP分子标记，并结合KASP检测技术，可快速、高通量的筛选高青蒿素含量的黄花蒿品种，对高青蒿素含量品种的选育具有重要意义。

发明内容

本发明旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提出一种与青蒿素含量连锁的SNP位点。

本发明还提出用于检测上述SNP位点的引物组。

本发明还提出一种试剂盒。

本发明还提出一种基因芯片。

本发明还提出上述SNP位点、引物组、试剂盒和/或基因芯片的应用。

本发明还提出上述SNP位点的检测方法。

根据本发明的第一方面，提出了与青蒿素含量连锁的SNP位点，所述SNP位点位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的115bp处，多态性为A/T。

根据本发明的第二方面，提出了用于扩增上述SNP位点的引物组，所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物序列包括Primer X和Primer Y。

在本发明的一些实施方式中，所述特异性引物的序列如SEQ ID NO.2、SEQ IDNO.3所示。

根据本发明的一些实施方式，所述引物组还包括核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的通用引物序列。