[发明专利]组合的STAT信号通路相关基因在结直肠癌预后模型中的应用

权利要求书

1.组合的STAT信号通路相关基因在结直肠癌预后模型中的应用，其特征在于，所述组合的STAT信号通路相关基因为CAV1、EPO、IL13、LEP和NEUROD1。

2.如权利要求1所述的组合的STAT信号通路相关基因在结直肠癌预后模型中的应用，其特征在于，结直肠癌预后模型的建立方法包括以下步骤：

步骤1)数据的收集整理

从癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因表达综合(GEO)数据库中获取结直肠癌的临床数据和基因表达数据；

步骤2)筛选差异表达的STAT信号通路相关基因

对已知的多个STAT信号通路相关基因使用Limma包进行差异表达分析，使用igraph包探索基因相互作用网络，筛选相较于正常样本的差异表达的基因组合；

步骤3)STAT信号通路相关基因的预后模型构建

采用单因素COX回归分析对步骤2)中筛选出的结直肠癌患者预后相关的每个差异表达基因进行评估，根据P值及LASSOCox回归分析进一步筛选得到与STAT信号通路相关的差异基因组合，评估模型的计算方法为：

其中Coefi代表系数，Xi表示标准化后的基因表达水平；

步骤4)构建列线图

基于基因特征和临床特征，使用rms、foreign和survival包整合独立预测因素，通过校正和消除趋势对应分析(DCA)构建列线图，评估患者的生存率以及评估模型的效能。

3.如权利要求2所述的组合的STAT信号通路相关基因在结直肠癌预后模型中的应用，其特征在于，步骤2)中所筛选出的相较于正常样本的差异表达的基因组合为IFNL3、IFNE、CSF2、IFNL2、IL23A、AGT、IL20、OSM、LIF、IL13、PRL、EPO、HAMP、CENPJ、MGAT5、PIGU、OCS2、TSLP、IL6ST、PTPRC、PTK2B、HCLS1、NEUROD1、CCL5、IL10、CSF1R、IL10RA、PTPRT、KIT、LEP、ERBB4、IGF1、IL2、CAV1和GHR。

4.如权利要求3所述的组合的STAT信号通路相关基因在结直肠癌预后模型中的应用，其特征在于，步骤3)中所筛选得到与STAT信号通路相关的差异基因组合为CAV1、EPO、IL13、LEP和NEUROD1。

5.如权利要求4所述的组合的STAT信号通路相关基因在结直肠癌预后模型中的应用，其特征在于，步骤3)中的风险评分计算为：

风险指数评分＝(0.009×CAV1mRNA表达水平)+(2.236×EPOmRNA表达水平)+((-0.600)×IL13mRNA表达水平)+(0.116×LEPmRNA表达水平)+(0.059×NEUROD1mRNA表达水平)。

6.如权利要求4所述的组合的STAT信号通路相关基因在结直肠癌预后模型中的应用，其特征在于，步骤3)中，根据中位风险评分，将患者分为高风险组和低风险组，使用Kaplan-Meier分析比较两组之间的总生存率，并使用log-rank进行检验。

7.如权利要求6所述的组合的STAT信号通路相关基因在结直肠癌预后模型中的应用，其特征在于，分别对高风险组和低风险组进行主成分分析(PCA)评价其可分离性，使用“生存”、“风险回归”、“timeROC”和“survminer”包构建受试者工作特征曲线(ROC)，通过曲线下面积(AUC)评估基因标记的准确性。