[发明专利]分子对接的处理方法、装置及电子设备

说明书

本申请涉及一种分子对接的处理方法、装置及电子设备。该方法包括：分别获取模板分子和待对接分子的分子骨架，其中，模板分子的分子骨架具有对应的已知原子三维坐标；将模板分子及各待对接分子的分子骨架按照预设分组规则进行分组，形成分子对；按照对应的预设分子对接方法，分别将第二分子骨架参照对应的分子对中的第一分子骨架的原子三维坐标与受体蛋白进行对接，获得第二分子骨架的原子三维坐标，以将分子对中的第二分子骨架切换为对应的第一分子骨架；分别根据第一分子骨架的原子三维坐标，获得各待对接分子对应的对接后分子的构象信息。本申请提供的方案，能够提高处理效率，降低人工成本。

技术领域

本申请涉及分子对接技术领域，尤其涉及分子对接的处理方法、装置及电子设备。

背景技术

分子对接技术是一种重要的分子建模方法，在计算机辅助的药物设计中有广泛的应用。在药物设计的场景下，分子对接算法的目的是预测一个潜在的小分子药物配体与受体蛋白的结合构象。药物研发人员可基于该构象分析配体-受体间的相互作用，或利用该构象作为输入，进一步用能量优化、分子模拟等高精度计算化学方法预测配体与受体间的结合亲和力。

相关技术中，随着大型计算机算力的提升和软件平台的发展，越来越多的药物研发人员采用FEP(Free Energy Perturbation，自由能微扰)方法预测小分子药物配体与受体蛋白间的结合亲和力。其中，FEP方法的计算即为预测两个结构相近的潜在药物分子(即小分子药物配体)分别与受体蛋白对接结合的亲和力之差，从而根据该差值判断这两个潜在药物分子中的哪个与受体蛋白结合后的复合物更稳定。因此，在采用FEP方法时，需要在众多小分子中将每两个结构相近的小分子进行配对，再输入配对后的两个小分子与受体蛋白对接的构象，以进行亲和力之差的计算。在输入两个结构相近的小分子之前，需要将两个小分子的分子骨架进行叠合，叠合度越高，计算结果的误差越小。

为了提高叠合度，需要将待对接的分子的构象进行优化，目前采用的方法一般是先人工确定一个已与受体蛋白完成对接的小分子作为模板分子，再手工指定各待对接分子中需要与模板分子叠合的原子，使待对接分子与模板分子的最大公共子结构上的原子一一对应。这样的方式对每个待对接分子进行调整，需要大量的人工操作，耗时较久，效率低下。

发明内容

为解决或部分解决相关技术中存在的问题，本申请提供一种分子对接的处理方法、装置及电子设备，能够批量调整并获得待对接分子的对接构象信息，提高待对接分子间的叠合度，且提高处理效率，降低人工成本。

本申请第一方面提供一种分子对接的处理方法方法，包括：

分别获取模板分子和待对接分子的分子骨架，其中，所述模板分子的分子骨架具有对应的已知原子三维坐标；

将所述模板分子及各所述待对接分子的分子骨架按照预设分组规则进行分组，形成分子对，其中，所述分子对包含一个第一分子骨架和一个第二分子骨架，所述第一分子骨架为所述模板分子或已获得原子三维坐标的待对接分子的分子骨架，所述第二分子骨架为未获得原子三维坐标的待对接分子的分子骨架；

按照对应的预设分子对接方法，分别将所述第二分子骨架参照对应的分子对中的第一分子骨架的原子三维坐标与受体蛋白进行对接，获得所述第二分子骨架的原子三维坐标，以将所述分子对中的所述第二分子骨架切换为对应的第一分子骨架；

分别根据所述第一分子骨架的原子三维坐标，获得各所述待对接分子对应的对接后分子的构象信息。

在一实施方式中，所述分别获取模板分子和待对接分子的分子骨架，包括：

分别获取模板分子和待对接分子的分子结构信息；

去掉所述模板分子和待对接分子的分子结构信息中的氢原子及隐藏所述分子结构信息中的重原子的元素信息，获得所述模板分子和待对接分子的分子骨架。