[发明专利]JMML相关基因甲基化水平评估方法、模型及构建方法

说明书

本发明涉及分子生物学检测领域，具体涉及一种JMML相关基因甲基化水平评估方法、模型及构建方法，通过确定JMML相关基因甲基化位点、设计探针，提取样本DNA，构建JMML相关基因甲基化文库，根据构建的JMML相关基因甲基化文库，进行碱基识别，去除序列接头以及删除低质量碱基后比对至人基因组hg19，去冗余提取所有CpG位点，对JMML相关基因甲基化位点CpG进行聚类，按照聚类顺序划分高甲基化、中甲基化、低甲基化，构建数据库；本发明方法以及构建的模型可减少全基因组甲基化测序的成本高和耗时长的问题，便于更高效快速的对JMML相关基因甲基化水平进行评估，利于JMML预后风险评估。

技术领域

本发明涉及分子生物学检测领域，具体涉及一种JMML相关基因甲基化水平评估方法、模型及构建方法。

背景技术

幼年型粒单核细胞白血病（juvenile myelomonocytic leukemia ,JMML）是一种克隆性骨髓多潜能造血干细胞疾病，主要发生于婴幼儿和儿童。其特征是粒系和单核系细胞异常增殖，外周血和骨髓中原始细胞+幼单核细胞＜20%，并常伴有红系和巨核系细胞发育异常。无BCR-ABL融合基因，有特征性的累及RAS/MAPK通路基因的突变。当前建立的临床和遗传标记并不能完全概括该疾病的临床和生物学异质性。近年来研究发现，表观遗传学层面的因素，特别是DNA甲基化，对JMML的疾病分组或分型以及治疗效果评估，具有显著的科研和临床价值。

DNA 甲基化是在 DNA 甲基化转移酶的作用下将甲基选择性地添加到胞嘧啶上形成5-甲基化胞嘧啶的过程。DNA 甲基化是最早发现的基因修饰方式之一，可能存在于所有高等生物中，是表观遗传学(epigenetics)的重要组成部分。DNA 甲基化能关闭某些基因的活性，去甲基化则可诱导基因的重新活化和表达。它参与了动物胚胎发育、基因印迹和X染色体失活等过程，在基因表达的调控中具有重要作用，异常甲基化可以导致肿瘤的形成。

目前甲基化检测方法有特异位点的甲基化检测和全基因组的甲基化分析。特异位点的甲基化检测包括甲基化特异性PCR(MS-PCR)，亚硫酸氢盐处理+测序，联合亚硫酸氢钠的限制性内切酶分析法(COBRA)，荧光定量(Methylight)，甲基化敏感性高分辨率熔解曲线分析，焦磷酸测序等；全基因组的甲基化分析包括甲基化芯片，高通量测序，飞行质谱等。

就全基因组的甲基化分析而言，目前流行的分析方法是芯片。Illumina的Infinium HumanMethylation850 BeadChip芯片，以单碱基分辨率覆盖了每个样品中超过85万个甲基化位点，实现了基因区域和CpG岛的全面覆盖。此外，还附加了甲基化专家所精选的高价值内容，包括CpG岛之外的CpG位点，在人类干细胞中鉴定出的非CpG甲基化位点，以及肿瘤和正常组织中差异表达的甲基化位点等等。它的高覆盖度、高通量以及低价格，让它成为筛选大样本人群的理想选择。

二代测序的飞速发展，使得测序成本大幅下降，也使得甲基化(methylome)的研究成为可能。然而全基因组甲基化测序的成本依然比较高，急需开发新的检测方法解决这一问题。

发明内容

针对上述现有技术的不足，本发明所要解决的问题是：如何提供一种JMML相关基因甲基化水平评估方法、模型及构建方法，以解决全基因组甲基化测序的成本高、效率低的问题。

为了解决上述问题，本发明采用了如下的技术方案：

一种用于构建JMML相关基因甲基化水平评估模型的方法，包括：

（1）确定JMML相关基因甲基化位点、设计探针，提取样本DNA，构建JMML相关基因甲基化文库；

（2）根据构建的JMML相关基因甲基化文库，进行碱基识别，去除序列接头、删除低质量碱基后比对至人基因组hg19，去冗余提取所有CpG位点信息；