[发明专利]JMML相关基因甲基化水平评估方法、模型及构建方法

权利要求书

1.一种用于构建JMML相关基因甲基化水平评估模型的方法，其特征在于，包括：

（1）确定JMML相关基因甲基化位点、设计探针，提取样本DNA，构建JMML相关基因甲基化文库；

（2）根据构建的JMML相关基因甲基化文库，进行碱基识别，去除序列接头、删除低质量碱基后比对至人基因组hg19，去冗余提取所有CpG位点信息；

（3）对所述JMML相关基因甲基化位点CpG进行聚类，并根据甲基化高低顺序，构建数据库，得到所述JMML相关基因甲基化水平评估模型；

所述步骤（1）构建JMML相关基因甲基化文库包括：将所述样本DNA段化至200bp，进行末端修复和连接接头；将末端修复和连接接头后的样本DNA进行甲基化处理、PCR富集、文库质检和文库靶向富集，得到所述JMML相关基因甲基化文库；

所述接头由通用序列和防污染标签两部分构成，所述防污染标签包含8-10碱基，且接头中的胞嘧啶碱基全部被甲基化修饰，所述接头选择以下接头序列组中的一组或多组：

1-1.ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTCGAGCTCA*T，

1-2.P-TGAGCTCGAGATCGGAAGAGCACACGTCT；

2-1.ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTAGACATGCAG*T，

2-2.P-CTGCATGTCTAGATCGGAAGAGCACACGTCT；

3-1.ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGTCTAGCAC*T，

3-2.P-GTGCTAGACAGATCGGAAGAGCACACGTCT；

4-1.ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTTACGCTAC*T，

4-2.P-GTAGCGTAAGATCGGAAGAGCACACGTCT；

5-1.ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTCGTCACTAAG*T，

5-2.P-CTTAGTGACGAGATCGGAAGAGCACACGTCT；

6-1.ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTCTCACGTGC*T，

6-2.P-GCACGTGAGAGATCGGAAGAGCACACGTCT；

7-1.ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTATGTCTCA*T，

7-2.P-TGAGACATAGATCGGAAGAGCACACGTCT；

8-1.ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTCACACGTCCA*T，

8-2.P-TGGACGTGTGAGATCGGAAGAGCACACGTCT；

9-1.ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTACATCTCAG*T，

9-2.P-CTGAGATGTAGATCGGAAGAGCACACGTCT；

10-1.ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTCGTAGCGT*T，

10-2.P-ACGCTACGAGATCGGAAGAGCACACGTCT。

2.根据权利要求1所述用于构建JMML相关基因甲基化水平评估模型的方法，其特征在于，所述样本DNA来源于离体骨髓液或外周血。

3.根据权利要求1所述用于构建JMML相关基因甲基化水平评估模型的方法，其特征在于，所述步骤（1）确定JMML相关基因甲基化位点包括：采用850K 芯片，检测多个阳性样本与多个阴性样本，筛选出差异化甲基化位点，并筛选出部分差异化甲基化位点得出所述JMML相关基因甲基化位点。