[发明专利]一种肺炎衣原体的MNP标记组合、引物对组合、试剂盒及其应用

说明书

本发明属于分子生物学技术领域，本发明公开了一种肺炎衣原体的MNP标记组合、引物对组合、试剂盒及其应用，所述MNP标记组合包括以AE001363为参考基因组的MNP‑1～MNP‑15的15个标记，具体的核苷酸序列如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.15所示；所述引物核苷酸序列如SEQ ID NO.16‑SEQ ID NO.45所示。所述MNP标记组合能特异的鉴定肺炎衣原体并检测变异；所述引物互不干扰，综合多重扩增和测序技术，可一次性对多样本的所有标记组合进行序列分析，具有高通量、多靶点、高灵敏、高精准和免培养的技术优势，可应用于大规模样本的肺炎衣原体的鉴定和遗传变异监测，对肺炎衣原体的科研和防疫监测均具有重要意义。

技术领域

本发明实施例涉及生物技术领域，特别涉及一种肺炎衣原体的MNP标记组合、引物对 组合、试剂盒及其应用。

背景技术

肺炎衣原体(Chlamydia.pneumoniae)是一种专性细胞内寄生的革兰氏阴性小球菌，是 人类呼吸道疾病的重要病原体，主要通过呼吸道飞沫传播。进入人体后，产生内毒素，可 引起上呼吸道感染，如鼻窦炎、中耳炎和咽炎，也可引起下呼吸道感染，如支气管炎和肺 炎。近年来的调查显示，5％～10％的获得性肺炎、支气管炎和鼻窦炎是由肺炎衣原体引起。 人类肺炎衣原体感染呈世界性流行，不分地域、不受种族和年龄限制，年老体弱者和免疫 力低下者较易感染肺炎衣原体，且易反复发作，不易控制。因此，准确灵敏的肺炎衣原体 的检测对于疾病早期诊断及控制具有重要意义。

另外，肺炎衣原体也是实验室进行研究常用的模式病原微生物。其作为群体生物，在 和宿主、环境的互作中，群体内个体会发生变异。对于实验室的研究来说，这种不易被察觉的变异会导致不同实验室或同一实验室不同时期相同命名的菌株实际上并不相同，导致实验结果的不可重现和不可比较。人Hella细胞实验室间的异质性已经导致大量的实验结果 的不可比较和数据浪费。因此，开发快速、准确的、可监测变异的肺炎衣原体检测分析方法对于肺炎衣原体的科学研究和应用都具有重要意义。

经典的肺炎衣原体检测方法，包括分离培养、PCR技术、全基因组和宏基因组测序等， 在时长、操作复杂度、检测通量、检测变异的准确性和灵敏度、成本等方面存在一个或多 个局限。融合超多重PCR扩增和高通量测序的靶向分子标记检测技术，可以在低微生物含 量的样本中靶向的富集目标微生物，避免了全基因组和宏基因组测序带来的大量数据浪费 和背景噪音，具有样本需要量少、诊断结果精确，节约数据量、检测低频变异的优势。

现有的靶向检测技术检测的分子标记主要包括SNP和SSR标记。SSR标记是公认的多态 性最高的标记，但在微生物中数量少；SNP标记数量巨大，分布密集，是二态性标记，单个 SNP标记的多态性不足以捕获微生物种群中潜在的等位基因多样性。因此，开发高多态性的 新型分子标记及其检测技术，成为亟待解决的技术问题。

因此，亟需开发病原微生物枯草芽孢杆菌的MNP标记和检测引物。本发明所开发的标 记和引物组合将用于制定病原体检测的国家标准(计划编号20201830-T-469)，该国家标准 将于2021年底发布。

发明内容

本发明实施例目的是提供一种肺炎衣原体的MNP标记组合、引物对组合、试剂盒及其 应用，可以对肺炎衣原体进行定性定量的鉴定和变异检测，具有多靶标、高通量、高灵敏和精细分型的效果。

为实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

在本发明的第一方面，提供了一种肺炎衣原体的MNP标记组合，所述MNP标记组合是指在肺炎衣原体基因组上筛选的区分于其他物种且在物种内部具有多个核苷酸多态性的 基因组区域，包括以AE001363为参考基因组的MNP-1～MNP-15的15个标记，具体的核苷酸序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.15所示。

上述技术方案中，说明书表1对MNP-1～MNP-15的标记组合进一步说明，表1中标注的所述MNP标记的起始和终止位置是基于表1中MNP同一行对应的参考序列确定的。