[发明专利]一种水痘-带状疱疹病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用

说明书

本发明公开了一种水痘‑带状疱疹病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用，所述MNP标记位点是指在水痘‑带状疱疹病毒基因组上筛选的区分于其他物种且在物种内部具有多个核苷酸多态性的基因组区域，包括MNP‑1～MNP‑15的标记位点；所述引物如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.30所示。所述MNP标记位点能特异的鉴定水痘‑带状疱疹病毒并监测变异；所述引物互不干扰，综合多重扩增和测序技术，可一次性对多样本的所有标记位点进行序列分析，具有高通量、多靶点、高灵敏、高精准和免培养的检测优势，可应用于大规模样本的水痘‑带状疱疹病毒的鉴定和遗传变异检测，对水痘‑带状疱疹病毒的科研和防疫监测均具有重要意义。

技术领域

本发明实施例涉及生物技术领域，特别涉及一种水痘-带状疱疹病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用。

背景技术

水痘-带状疱疹病毒(varicella-zostervirus)，即人类疱疹病毒3型(HHV-3)，是水痘或带状疱疹的病原体。水痘-带状疱疹病毒十分常见，借飞沫经呼吸道或接触感染进入机体，几乎所有人于成年之前接触过该病毒，该病毒只有一个血清型，可引起两种不同的病症，即原发感染水痘(varicella)和复发感染带状疱疹(zoster)。水痘消失后不遗留瘢痕，病情一般较轻，但偶有并发间质性肺炎和感染后脑炎者。成人患水痘时，20％～30％并发肺炎，一般病情重，病死率亦高。孕妇患水痘的表现亦较严重，并可引起胎儿畸形、流产或死产。为预防该病毒，在1～12岁健康儿童普遍接种减毒疫苗进行预防。对水痘-带状疱疹病毒的检测包括疱疹液做电镜快速检查，或细胞培养来分离病毒，或应用免疫荧光试验检测疱疹底基部材料涂片和活检组织切片的疱疹病毒抗原，或应用PCR扩增脑脊液的DNA。水痘-带状疱疹病毒作为群体生物，在和宿主、环境的互作中，群体内个体会发生变异，导致检测或治疗方法的失效；对于实验研究来说，这种不易被察觉的变异会导致不同实验室或同一实验室不同时期相同命名的毒株实际上并不相同，导致实验结果的不可重现和不可比较。因此，开发快速、准确的、可监测变异的水痘-带状疱疹病毒检测分析方法对于水痘-带状疱疹病毒的临床治疗、防疫检测和科学研究和都具有重要意义。

水痘-带状疱疹病毒已有的检测方法在时长、操作复杂度、检测通量、检测变异的准确性和灵敏度、成本等方面存在一个或多个局限。融合超多重PCR扩增和高通量测序的靶向分子标记检测技术，可以在低微生物含量的样本中靶向的富集目标微生物，避免了全基因组和宏基因组测序带来的大量数据浪费和背景噪音，具有样本需要量少、诊断结果精确，节约数据量、可检测变异的优势。现有的靶向检测技术检测的分子标记主要包括SNP和SSR标记。SSR标记是公认的多态性最高的标记，但在微生物中数量少；SNP标记数量巨大，分布密集，是二态性标记，单个SNP标记的多态性不足以捕获微生物种群中潜在的等位基因多样性。

因此，开发水痘-带状疱疹病毒的高多态性的新型分子标记及其检测技术，成为亟待解决的技术问题。

发明内容

本发明目的是提供一种水痘-带状疱疹病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用，可以对水痘-带状疱疹病毒进行定性的鉴定和变异检测，具有多靶标、高通量、高灵敏和精细分型的效果。

为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

在本发明的第一方面，提供了一种水痘-带状疱疹病毒的MNP标记位点，所述MNP标记位点是指在水痘-带状疱疹病毒基因组上筛选的区分于其他物种且在物种内部具有多个核苷酸多态性的基因组区域，包括水痘-带状疱疹病毒参考序列上MNP-1～MNP-15的标记位点。

上述技术方案中，MNP-1～MNP-15的标记位点具体如说明书表1所示，表1中标注的所述MNP标记的起始和终止位置是基于表1中MNP同一行对应的参考序列确定的。

在本发明的第二方面，提供了一种用于检测所述MNP标记位点的多重PCR引物组合物，所述多重PCR引物组合物包括15对引物，具体的引物序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.30所示。