[发明专利]一种单纯疱疹病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用

说明书

本发明公开了一种单纯疱疹病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用，所述MNP标记位点是指在单纯疱疹病毒I型和2型基因组上筛选的区分于其他物种且在亚型内部具有多个核苷酸多态性的基因组区域，包括MNP‑1～MNP‑14的标记位点；所述引物如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.28所示。所述MNP标记位点能特异的鉴定并分型单纯疱疹病毒；所述引物互不干扰，综合多重扩增和测序技术，可一次性对多样本的所有标记位点进行序列分析，具有高通量、多靶点、高灵敏、高精准和监测变异的检测优势，可应用于大规模样本的单纯疱疹病毒的鉴定和遗传变异检测，对单纯疱疹病毒的科研和防疫监测均具有重要意义。

技术领域

本发明实施例涉及生物技术领域，特别涉及一种单纯疱疹病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用。

背景技术

单纯疱疹病毒(Herpes Simplex Virus，HSV)是一类DNA病毒，能引起类多种疾病，如龈口炎(gingivostomatitis)、角膜结膜炎(keratoconjunctivitis)、脑炎(encephalitis)以及生殖系统感染和新生儿的感染。妊娠妇女感染HSV-I，病毒有可能经胎盘感染胎儿，造成流产、死胎或先天性畸形，新生儿疱疹是临床上常见而又严重的感染。因此HSV筛查是妊娠期妇女必检的项目之一。

已有的检测和分型方法主要基于抗原抗体反应，将HSV分为HSV-1和HSV-2两个血清型，但这种检测分型方法存在灵敏度低，分型不准确的局限。近年来，分子生物学的发展迅速，以遗传物质为基础的检测分型系统得以发展，其中包括基于RCA方法、荧光PCR和宏基因测序的方法。基于RCA和荧光PCR一次只检测HSV-1和HSV-2中的一种，或者同时检测两种，但检测的标记数目有限，通常是一种型只检测一个标记，且不能检测变异，少数几个位点的检测容易检测失败，存在检测效率低和准确性低的局限。基于测序技术的方法，比如宏基因组测序技术往往包括大量的宿主测序数据，尤其对HSV低浓度的样本进行检测时，需要超深度的测序，想要检测变异进行分型，会导致超高的难以接受的测序成本。已有的方法主要通过检测SNP标记进行亚型的区分，但SNP标记存在多态性低，分型错误率高和物种区分能力弱的局限。单纯疱疹病毒为群体性生物，群体中个体的变异导致在一个标记位点会存在多个等位基因型且存在低频的基因型，SNP标记是二态性标记，难以捕获群体生物普遍存在的多等位基因型，存在标记多态性低、检测方法准确性和灵敏度低的缺陷。

因此，开发单纯疱疹病毒的高多态性的新型分子标记及其高效、准确和灵敏的检测技术，成为亟待解决的技术问题。

发明内容

本发明目的是提供一种单纯疱疹病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用，可以一次性对单纯疱疹病毒I型和2型进行鉴定和变异检测，具有多靶标、高通量、高灵敏和精细分型的效果。

为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

在本发明的第一方面，提供了一种单纯疱疹病毒的MNP标记位点，所述MNP标记位点为在单纯疱疹病毒1型和2型基因组上筛选的物种特异的、且在亚型内部具有多个核苷酸多态性的基因组区域，包括以NC_001806.2为参考基因组的MNP-1～MNP-7的标记位点和以LS480640.1为参考基因组的MNP-8～MNP-14的标记位点。

上述技术方案中，MNP-1～MNP-14的标记位点具体如说明书表1所示，表1中标注的所述MNP标记的起始和终止位置是分别基于表1中NC_001806.2和LS480640.1的序列确定的。

在本发明的第二方面，提供了一种用于检测所述MNP标记位点的多重PCR引物组合物，所述多重PCR引物组合物包括14对引物，所述14对引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.28所示。

上述技术方案中，每个MNP标记位点的引物包括上引物和下引物，具体如说明书表1所示。