[发明专利]向导RNA作用靶点的筛选方法、计算机存储介质及电子设备

说明书

本发明提供了一种向导RNA作用靶点的筛选方法、计算机存储介质及电子设备，方法包括以下步骤：S1、从基因序列库中获取PAM序列；S2、将PAM序列的NGG以及PAM序列的前n个碱基取出，生成向导RNA；S3、将向导RNA与基因序列库比对，判断向导RNA的基因在基因序列库中的位置；S4、获取向导RNA中每个基因上游的m个碱基，以及对应基因的碱基区域的向导RNA，在含有基因的向导RNA进行打靶，剔除没有基因的向导RNA；S5、剔除含有连续a个T的向导RNA；S6、剔除没有在转录本外显子上的向导RNA；S7、获取未被剔除的向导RNA，筛选含有设定前缀的转录本的向导RNA；S8、获取步骤S7得到的向导RNA的基因，形成具有设定前缀的转录本序列；S9、截取转录本序列中预定长度的序列。

技术领域

本发明涉及基因编辑领域，更具体地，涉及一种向导RNA作用靶点的筛选方法、计算机存储介质及电子设备。

背景技术

随着DNA测序技术的发展，众多生物的基因组序列信息已被公布，随后科研人员把转向对基因功能信息挖掘作为研究重点。基因敲除动物模型一直以来是在活体动物上从事基因功能研究、寻找合适药物作用靶点的重要工具。但是传统的基因敲除方法需要通过复杂的打靶载体构建、胚胎干细胞(ES细胞)的筛选、嵌合体繁育等一系列步骤，不仅操作流程繁琐，对实验人员的技术要求很高，而且成本高，耗时长，效率低。

例如，现有工具Cas-Designer所存在的缺陷为：需要一个基因一个基因的处理，耗时长，更不尽人意的是，基因必须根据NCBI数据库获取基因组序列，然后判断序列长度，小于或者等于1kb才可以进行筛选。假如序列的长度5kb，需要分5次进行筛选，该序列假如进行第二次筛选，也同样需要分成5次，比较繁琐，耗时长。

发明内容

为解决上述技术问题，一方面，本发明提供一种向导RNA作用靶点的筛选方法。

根据本发明实施例的向导RNA作用靶点的筛选方法，包括以下步骤：

S1、从基因序列库中获取PAM序列；

S2、将所述PAM序列的NGG以及所述PAM序列的前n个碱基取出，生成向导RNA，其中n为自然数；

S3、将所述向导RNA与所述基因序列库比对，判断所述向导RNA的基因在所述基因序列库中的位置；

S4、获取所述向导RNA中每个基因上游的m个碱基，以及对应基因的碱基区域的所述向导RNA，在含有基因的所述向导RNA进行打靶，剔除没有基因的所述向导RNA；

S5、剔除含有连续a个T的所述向导RNA；

S6、剔除没有在转录本外显子上的所述向导RNA；

S7、获取未被剔除的所述向导RNA，筛选含有设定前缀的转录本的所述向导RNA；

S8、获取步骤S7得到的所述向导RNA的基因，并将外显子组合，形成具有所述设定前缀的转录本序列；

S9、截取所述转录本序列中预定长度的序列。

根据本发明实施例的向导RNA作用靶点的筛选方法，筛选方法更严谨，能够得到更有价值的序列库。根据基因ID可以批量筛选作用靶点，质量更高，速度快，客户使用更方便。

根据本发明的一些实施例，所述基因序列库为NCBI，所述PAM序列为所述基因库序列中的序列正链和序列负链。

根据本发明的一些实施例，n＝20，m＝20。

根据本发明的一些实施例，步骤S4包括：将有打靶的位置按照顺序生成唯一的ID号，最终生成没有筛选的向导RNA背景库。

根据本发明的一些实施例，a≥4。