[发明专利]向导RNA作用靶点的筛选方法、计算机存储介质及电子设备

权利要求书

1.一种向导RNA作用靶点的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1、从基因序列库中获取PAM序列；

S2、将所述PAM序列的NGG以及所述PAM序列的前n个碱基取出，生成向导RNA，其中n为自然数；

S3、将所述向导RNA与所述基因序列库比对，判断所述向导RNA的基因在所述基因序列库中的位置；

S4、获取所述向导RNA中每个基因上游的m个碱基，以及对应基因的碱基区域的所述向导RNA，在含有基因的所述向导RNA进行打靶，剔除没有基因的所述向导RNA，其中m为自然数；

S5、剔除含有连续a个T的所述向导RNA，其中a为自然数；

S6、剔除没有在转录本外显子上的所述向导RNA；

S7、获取未被剔除的所述向导RNA，筛选含有设定前缀的转录本的所述向导RNA，筛选含NM和NR前缀的转录本的gRNA序列，前缀包括NCBI库的转录本公开的前缀标识NM、XM、NR、XR；

S8、获取步骤S7得到的所述向导RNA的基因，并将外显子组合，形成具有所述设定前缀的转录本序列；

S9、截取所述转录本序列中预定长度的序列，

其中，步骤S7包括：给每个所述向导RNA赋值，同时增加靶转录本SNP标识，生成数据库，给每个所述向导RNA赋值的方法为：

所述向导RNA的序列中GC含量与分值成反比；

所述向导RNA的序列中连续碱基数量与分值成反比；

所述向导RNA的脱靶率与分值成反比。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述基因序列库为NCBI，所述PAM序列为所述基因库序列中的序列正链和序列负链。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，n=20，m=20。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S4包括：将有打靶的位置按照顺序生成唯一的ID号，最终生成没有筛选的向导RNA背景库。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，a≥4。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S9中，截取所述转录本序列中10%-65%之间的序列长度。

7.一种计算机存储介质，其特征在于，包括一条或多条计算机指令，所述一条或多条计算机指令在执行时实现如权利要求1-6中任一项所述的方法。

8.一种电子设备，包括存储器和处理器，其特征在于，

所述存储器用于存储一条或多条计算机指令；

所述处理器用于调用并执行所述一条或多条计算机指令，从而实现如权利要求1-6中任一项所述的方法。