[发明专利]蝴蝶兰属基于RTE插入缺失多态性的遗传标记及应用

说明书

本发明涉及植物种质资源研究技术领域，公开了蝴蝶兰属基于RTE插入缺失多态性的遗传标记，包括六十对引物，还公开了遗传标记在制备用于研究蝴蝶兰属物种间亲缘关系的试剂盒中的应用。本发明开发出了60个基于RTE转座子插入‑缺失多态性的遗传标记，本发明为蝴蝶兰属新物种发现、蝴蝶兰属物种间遗传多样性分析、种质资源鉴定、亲缘关系和种属间远缘杂交鉴定等的研究提供了充足可靠的标记来源和参考。

技术领域

本发明涉及植物种质资源研究技术领域，具体涉及蝴蝶兰属基于RTE插入缺失多态性的遗传标记及应用。

背景技术

蝴蝶兰(Phalaenopsis aphrodite Rchb.F.)为兰科蝴蝶兰属，原产于亚热带雨林地区，为附生性兰花。蝴蝶兰分布在泰国、菲律宾、马来西亚、印度尼西亚及中国台湾等地，其在国内外备受欢迎，其形态美观且花期长，在花卉市场上占非常重要的地位。蝴蝶兰属是一个有60多个物种的属，许多种都可做观赏用。

转座子广泛分布于植物基因组上，在特定条件下可以通过自主或非自主的方式跳跃到基因组其它位置，包括基因区，从而影响到植物基因的表达及特定性状的改变。另外由于分布数量较多，转座子常常被用于开发成多态性标记，用于研究植物遗传多样性和基因定位。本申请利用隐马(Hidden Markov Models)模型，通过一系列软件，经过对基因组序列的初步分析，发现小兰屿蝴蝶兰含有大量RTE转座子，这些转座子可用来开发多态性标记，可用于多样性分析和蝴蝶兰属物种间亲缘关系的研究。

发明内容

基于以上问题，本发明提供蝴蝶兰属基于RTE插入缺失多态性的遗传标记及应用，本发明为蝴蝶兰属物种间遗传多样性分析、种质资源鉴定和亲缘关系的研究提供了充足可靠的标记来源。

为解决以上技术问题，本发明提供了蝴蝶兰属基于RTE插入缺失多态性的遗传标记，包括如下六十对引物：Phe-InDel-1，Phe-InDel-2，Phe-InDel-3，Phe-InDel-4，Phe-InDel-5，Phe-InDel-6，Phe-InDel-7，Phe-InDel-8，Phe-InDel-9，Phe-InDel-10，Phe-InDel-11，Phe-InDel-12，Phe-InDel-13，Phe-InDel-14，Phe-InDel-15，Phe-InDel-16，Phe-InDel-17，Phe-InDel-18，Phe-InDel-19，Phe-InDel-20，Phe-InDel-21，Phe-InDel-22，Phe-InDel-23，Phe-InDel-24，Phe-InDel-25，Phe-InDel-26，Phe-InDel-27，Phe-InDel-28，Phe-InDel-29，Phe-InDel-30，Phe-InDel-31，Phe-InDel-32，Phe-InDel-33，Phe-InDel-34，Phe-InDel-35，Phe-InDel-36，Phe-InDel-37，Phe-InDel-38，Phe-InDel-39，Phe-InDel-40，Phe-InDel-41，Phe-InDel-42，Phe-InDel-43，Phe-InDel-44，Phe-InDel-45，Phe-InDel-46，Phe-InDel-47，Phe-InDel-48，Phe-InDel-49，Phe-InDel-50，Phe-InDel-51，Phe-InDel-52，Phe-InDel-53，Phe-InDel-54，Phe-InDel-55，Phe-InDel-56，Phe-InDel-57，Phe-InDel-58，Phe-InDel-59，Phe-InDel-60；