[发明专利]一种与大白菜亮绿性状紧密连锁的InDel标记、引物及应用

说明书

本发明涉及一种与大白菜亮绿性状紧密连锁的InDel标记、引物及应用，白菜类作物是一种常见的以叶片/叶球、花茎/花序等为主要食用部位的蔬菜作物，其中亮绿花茎的薹用白菜在我国蔬菜供应中占有重要地位。本发明分析了大白菜自交系‘06‑247’与‘He102’的基因组序列，发现了两者之间存在较多变异，开发了A09位点紧密连锁的InDel标记，利用该标记检测了‘06‑247’与‘He102’的衍生群体，明确了群体中各株系在该位点的基因型。该标记的开发有利于高效的筛选具有亮绿性状的后代，应用于亮绿白菜臺种质标记辅助选育工作，具有良好的效果。

技术领域

本发明属于分子生物技术领域，具体为一种与大白菜亮绿性状紧密连锁的InDel标记，检测该分子标记的引物序列及在农作物选育方面的应用。

背景技术

大白菜(Brassica rapa L.ssp.Pekinensis)属于十字花科芸薹属蔬菜作物，在我国蔬菜生产和供应中占有重要地位。亮绿性状是一种表皮蜡质缺陷突变体，是花茎和叶片等组织的表皮缺乏蜡质所致。对于大白菜等叶用蔬菜作物特别是白菜薹品种，蜡粉是重要的商品性状，例如市场更青睐无蜡粉薹叶和亮绿花茎的薹用白菜。

目前，拟南芥等植物中蜡粉形成的生理生化和分子调控机制研究已经取得了一定进展。植物表皮蜡粉在表皮细胞内合成，其过程主要包括：脂肪酸在质体中从头合成C16和C18脂肪酸，随后转运到内质网上延伸为C20～C36的超长链脂肪酸，进一步通过醇合成途径和烷烃合成途径合成不同的蜡粉组分。CER1、CER2、CER3、MAH1、KCR1、RST1、WSD1、KCS和CYTB5等基因参与拟南芥蜡粉生物合成的不同途径(ZhaoKunst，2016；Ni et al.，2018)。蜡粉合成后通过一系列转运蛋白经细胞膜和细胞壁外泌至角质层，主要有ACBP1、ABCG11、ABCG12、LTPG1、LTPG2和GNL1等基因参与(Kim，2012；Xue et al.，2014)。另外，WIN1/SHINE1、SHINE2、SHINE3、MYB30、MYB94、MYB96、DEWAX、WAR6/RDR6、HUB1等基因在转录水平、转录后水平或翻译水平调控蜡粉合成过程(Lee et al.，2016；Park et al.，2016)。

芸薹属作物无蜡粉亮绿性状遗传规律较为复杂，不同群体间差异较大，且由不同的基因控制。本研究以大白菜自交系‘06-247’(无蜡粉材料)和‘He102’(无蜡粉材料)为亲本，构建了一个蜡粉变化有关的重组自交系(RILs)群体。该重组自交系群体的双亲均为无蜡粉材料，其F2代无蜡粉/有蜡粉单株的分离比为9/7，表明控制群体蜡粉性状是两对显性基因，加性效应分析表明两个基因分别来自不同的亲本。通过对双亲进行重测序和150个RILs进行简化基因组测序，开发了大量的InDels标记，构建了高密度的遗传连锁图谱(Liuet al.，2019)，共鉴定到2个效应值较大的基因。其中一个基因与Zhang等(2013)定位的BrWAX1相同，即与拟南芥蜡粉合成基因CER2的同源基因Bra013809，位于A01染色体。本研究开发了与另一个效应值较大的基因(位于A09染色体)紧密连锁的InDel标记，该标记的应用不仅为大白菜亮绿性状另一关键基因的精细定位和分子克隆奠定了基础，同时也为利用分子标记辅助选育亮绿大白菜新品种提供了高效途径。

发明内容

为了解决上述背景技术中提出的问题，本发明的目的在于提供一种与大白菜亮绿性状基因CER2突变相关的InDel标记、引物及应用。

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：

本发明第一方面，提供一种与大白菜亮绿性状紧密连锁的InDel标记，所述InDel标记如SEQID NO:3和SEQID NO:4所示。

本发明第二方面，提供一种与大白菜亮绿性状紧密连锁InDel标记的检测引物，所述检测引物如下：

正向引物：CrCATTTTTGAACAAGGAGTAAACC；