[发明专利]用于检测CLDN18.2 RNA的单链DNA探针及检测方法

说明书

一种用于检测CLDN18.2 RNA的单链DNA探针及检测方法，涉及分子生物学领域，一种用于检测CLDN18.2 RNA的单链DNA探针及检测方法，其是具有茎环状结构的寡聚单链脱氧核糖核苷酸分子，5’末端和3’末端各有3‑6个核苷酸相互匹配从而以氢键相互吸引，形成“茎环”结构。所述分子探针为DNA探针，所述分子探针含有可与CLDN18.2基因编码的RNA第96‑111碱基杂交的核酸序列，且所述分子探针不与双链DNA结合。本发明提供的分子信标，较本人申请KHP191113237.8专利所述探针，由于将多重化学修饰的RNA更换为无化学修饰的DNA，在检测结果接近的前提下，其合成更加便捷，且成本下降一倍以上，有利于大规模生产，具有极大的应用性。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，特别是癌症标志物CLDN 18.2检测领域，具体地说，涉及一种用于检测CLDN18.2 RNA的单链DNA探针及检测方法。

背景技术

胃癌在中国的发病率和死亡率均居高不下。近年来发现CLDN 18.2作为新型药物靶点被FDA批准用于晚期CLDN 18.2高表达胃癌的治疗。CLDN18.2是一种跨膜蛋白，属于Claudins(CLDNs)家族，是细胞紧密连接的重要组成。研究发现CLDN18.2在健康组织中表达受限，而在胃癌细胞中表达迅速上升，使其作为胃癌的有效治疗靶点。综上所述，CLDN 18.2的检测变得至关重要。

CLDN18基因有2个转录本，分别为CLDN 18.1和18.2。由于CLDN 18.1和CLDN 18.2蛋白质序列高度同源(92％同源性)，给对应检测抗体的开发造成了很大的困难。

发明内容

有鉴于此，有必要提供一种用于检测CLDN18.2 RNA的单链DNA探针及检测方法；依据中心法则，RNA的表达与蛋白质的表达具有一定的相关性，本专利将检测重点从CLDN18.2蛋白质转变为RNA。设计检测高效、快速、特异，合成便捷，成本低廉，能够较好的适配体外诊断循环肿瘤细胞技术并应用于临川研究的分子探针。通过本专利的检测方法，获取胃癌患者肿瘤细胞中CLDN18.2的表达情况，为CLDN 18.2靶向药物的使用提供临床依据，为CLDN 18.2高表达的胃癌患者带来希望。

一种用于检测CLDN18.2 RNA的单链DNA探针及检测方法，其是具有茎环状结构的寡聚单链脱氧核糖核苷酸分子，5’末端和3’末端各有3-6个核苷酸相互匹配从而以氢键相互吸引，形成“茎环”结构。

优选的，在5’末端和3’末端分别有一个荧光发射基团和与之对应的荧光淬灭基团。此时照射荧光激发光时，由于荧光基团和与之对应的淬灭基团物理距离很近从而引起荧光集团发出的光被淬灭基团所吸收而无法被检测，序列与靶向CLDN18.2特有序列相结合，一旦结合后会引起荧光基团和与之对应的淬灭基团物理距离增大从而引起荧光淬灭机制解除进而被检测到。同时其价格必须低廉，便于方法的民用化应用。

优选的，所述分子探针为DNA探针，所述分子探针含有可与CLDN18.2基因编码的RNA第96-111碱基杂交的核酸序列，且所述分子探针不与双链DNA结合。

优选的，所述分子探针含有如下核酸序列：5′-CCGCAATCCCAATCAG-3′，分子探针的5′和3′端分别含有3-6个可互补配对的碱基，形成茎环结构中的“颈部”。

优选的，所述分子探针为RNA探针，序列如下：5′-CGTATGCCCGCAATCCCAATCAGTTACG--3′。

优选的，所述分子探针的一端带有荧光基团，另一端带有淬灭基团，且所述荧光基团和淬灭基团相互匹配。

优选的，所述荧光基团选自FAM、HEX、TET、VIC、ROX、CY5、CY3、JOE、ALEX和CAL中的任意一种，所述淬灭基团选自DABYSL、BHQ、ECLIPSE和TAMRA中的任意一种。

优选的，所属检测方法可以在常规96孔板中进行，检测试剂与待测样品结合后读取荧光值即可。