[发明专利]用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒

说明书

本发明提供了一种用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒，其中，生物标志物获取方法包括：提取待检测样本RNA，将待检测样本RNA打断，进行反转录，得到cDNA；基于cDNA通过末端修复、接头连接和文库富集方法构建基因文库；通过捕获探针与目标区域特异性杂交从构建的基因文库中捕获并富集目标基因；利用高通量测序仪测序，获得RNA靶向测序数据；采用RPKM方法定量评估RNA靶向测序数据中基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量；基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物。具备检测灵敏度高、测序费用低、节省探针等优点，更适用于临床试剂盒开发。

技术领域

本发明涉及生物医学技术领域，尤其涉及一种用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒。

背景技术

近年来，全世界范围内每年有超过一百万人被诊断为食管癌，尤其在发展中国家的发病率逐年上升，且年轻人的发病率每年都在升高，无疑成为了全球范围内巨大的健康负担。在胃食管癌中，有高达30％的患者携带有人表皮生长因子受体2(ERBB2/HER2)扩增或过表达。对于这些患者，曲妥珠单抗(Trastuzumab，一种HER2靶向单抗药物)联合化疗一线用药可提高其生存率。

尽管曲妥珠单抗提高了ERBB2扩增的胃食管癌患者的生存率，但患者仍然通常会在一年内发生疾病进展，因此对曲妥珠单抗耐药的胃食管癌患者迫切需要新的后线治疗方案。

与此同时，抗EGFR靶向治疗药物阿法替尼(Afatinib)是表皮生长因子受体(EGFR)和人表皮生长因子受体2(HER2)酪氨酸激酶的强效、不可逆的双重抑制剂，适用于具有表皮生长因子受体(EGFR)基因敏感突变的局部晚期或转移性非小细胞肺癌(NSCLC)、既往未接受过EGFR酪氨酸激酶抑制剂(TKI)治疗、及含铂化疗期间或化疗后疾病进展的局部晚期或转移性鳞状组织学类型的非小细胞肺癌(NSCLC)，甚至有潜力被用于晚期IHC染色强阳性的食管癌患者(EGFR IHC(+++))曲妥珠单抗耐药后的后线抗EGFR靶向治疗(阿法替尼)。因此筛选潜在可能或以患者的预测生物标志物具有重要的临床意义。

发明内容

针对上述问题，本发明提供了一种用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒，有效提高预测抗EGFR靶向治疗(阿法替尼)效果的灵敏度等。

本发明提供的技术方案如下：

一种用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物，由以下生物标志物获取方法计算得到，包括：

提取待检测样本RNA，将所述待检测样本RNA打断，进行反转录，得到cDNA；

基于得到的cDNA通过末端修复、接头连接和文库富集方法构建基因文库；

通过捕获探针与目标区域特异性杂交从所述基因文库中捕获并富集目标基因；

利用高通量测序仪测序，获得RNA靶向测序数据；

采用RPKM方法定量评估RNA靶向测序数据中基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量；

基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物。

进一步优选的，所述基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物中包括：

对基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量进行标准化；

根据标准化后的表达量计算生物标志物评分：

生物标志物评分＝mean[lg(nRPKM_ALK)+lg(nRPKM_NTRK2)+lg(nRPKM_NTRK3)]