[发明专利]用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒

权利要求书

1.一种用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物，其特征在于，所述生物标志物由以下生物标志物获取方法计算得到，包括：

提取待检测样本RNA，将所述待检测样本RNA打断，进行反转录，得到cDNA；

基于得到的cDNA通过末端修复、接头连接和文库富集方法构建基因文库；

通过捕获探针与目标区域特异性杂交从所述基因文库中捕获并富集目标基因；

利用高通量测序仪测序，获得RNA靶向测序数据；

采用RPKM方法定量评估RNA靶向测序数据中基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量；

基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物。

2.如权利要求1所述的生物标志物，其特征在于，所述基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物中包括：

对基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量进行标准化；

根据标准化后的表达量计算生物标志物评分：

生物标志物评分＝mean[lg(nRPKM_ALK)+lg(nRPKM_NTRK2)+lg(nRPKM_NTRK3)]

其中，nRPKM_ALK表示基因ALK的标准化表达量，且nRPKM_ALK＝RPKM_ALK×HK_coefficient_ALK，RPKM_ALK表示基因ALK的标准化表达量，HK_coefficient_ALK表示基因ALK的表达量变化系数；nRPKM_NTRK2表示基因NTRK2的标准化表达量，且nRPKM_NTRK2＝RPM_NTRK2×HK_coefficient_NTRK2，RPKM_NTRK2表示基因NTRK2的标准化表达量，HK_coefficient_NTRK2表示基因NTRK2的表达量变化系数；nRPKM_NTRK3表示基因NTRK3的标准化表达量，且nRPKM_NTRK3＝RPKM_NTRK3×HK_coefficient_NTRK3，RPKM_NTRK3表示基因NTRK3的标准化表达量，HK_coefficient_NTRK3表示基因NTRK3的表达量变化系数。

3.如权利要求1或2所述的生物标志物，其特征在于，

所述利用高通量测序仪测序，获得RNA靶向测序数据之后，还包括质控步骤，包括：

对获得的RNA靶向测序数据中的低质量测序数据及含有接头序列reads进行过滤；

将过滤后的RNA靶向测序数据与参考基因组进行比对；

评估比对结果是否符合预设指标，所述预设指标包括：序列回帖比对率在预设比对率阈值之上、目标区域数据量在预设数据量阈值之上及表达的看家基因数量在预设基因数量阈值之上；

所述采用RPKM方法定量评估RNA靶向测序数据中基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量中，包括：采用RPKM方法定量评估过滤后符合预设指标的RNA靶向测序数据中基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量。

4.如权利要求1或2所述的生物标志物，其特征在于，所述利用高通量测序仪测序，获得RNA靶向测序数据中，高通量测序仪测序采用双端或单端模式进行测序得到RNA靶向测序数据。

5.如权利要求1-4任意一项所述生物标志物在预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的芯片或试剂盒中的应用。