[发明专利]鉴定杏果皮毛性状的SNP标记、引物及应用

说明书

本发明提供一种鉴定杏果皮毛性状的SNP标记、引物及应用。本发明通过全基因组关联分析方法获得与杏果实表皮有毛/无毛性状相关的SNP标记，该多态性位点位于杏基因组7号染色体第15954845bp处，该位点为碱基G或C，并针对该位点设计检测引物。本发明利用1对引物，在幼苗期即可鉴定杏果实表皮是否有毛，实现有毛/无毛性状的早期筛选，缩短了育种年限。通过对244份杏资源进行验证，结果表明，该方法对杏果实表皮有毛/无毛性状的鉴定准确率达100％。本发明提供的鉴定果实表皮有毛/无毛杏的方法具有简单、快速、高效、成本低等优点，在鲜食杏育种中具有重要应用价值。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，具体地说，涉及一种鉴定杏果皮毛性状的SNP标记、引物及应用。

背景技术

自上世纪70年代，我国开始杏实生选种和农家品种选种，80年代开始有目的的杂交育种，为生产上提供了大量适生良种。但传统果树育种一方面具有一定的盲目性，另一方面获得目标品种的周期长，在一些针对复杂性状的改良及多性状联合改良中显得无能为力，亟需借助现代分子生物学手段推动育种进程。

分子标记辅助育种是近年来迅速发展的技术，为育种工作提供了新的思路与途径。SNP是指不同品种基因组中相对于参考基因组在该位置存在1个核苷酸的变化。针对基因组中的SNP位点，开发与设计相关PCR引物，即为SNP标记。通过全基因组关联分析获得与特定性状紧密连锁的SNP标记，即可实现对相关性状的鉴定。通过开发与性状紧密连锁的分子标记，可有效提高育种效率，对促进我国杏育种产业持续、快速、高效发展具有重要意义。

发明内容

本发明的目的是提供一种鉴定杏果皮毛性状的SNP标记、引物及应用。

为了实现本发明目的，第一方面，本发明提供一种鉴定杏果皮毛性状的SNP标记，所述SNP标记含有杏如SEQ ID NO:1所示序列第225bp处的多态性为G/C的核苷酸序列。

所述SNP标记包含的多态性位点的基因型为GG或GC，对应的杏果实表皮有毛，若基因型为CC，对应的杏果实表皮无毛。

用于鉴定杏果实表皮有毛/无毛性状的SNP位点位于杏基因组7号染色体的第15954845bp处，该位点为碱基G或C。所述杏基因组参考Jiang等公布的‘串枝红’基因组(版本号为V1.0)。

第二方面，本发明提供用于扩增所述SNP标记的引物，包括如SEQ ID NO:2所示的上游引物和如SEQ ID NO:3所示的下游引物。

第三方面，本发明提供含有SEQ ID NO:2-3所述引物的检测试剂或试剂盒。

第四方面，本发明提供一种鉴定杏果实表皮有毛或无毛性状的方法，包括以下步骤：

1)提取待测杏叶片的总DNA；

2)以DNA为模板，利用SEQ ID NO:2-3所示的引物进行PCR扩增；

3)分析PCR扩增产物。

优选地，PCR反应体系(50μl)为：PCR反应缓冲液25μl，2mM dNTPs 10μl，10pmol/μl上、下游引物各1μl，DNA模板1μl，1.0U/μl KOD FX 1μl，ddH₂O补齐至总体积50μl。PCR反应程序为：94℃2min；98℃30s，50℃30s，68℃30ss，共33～37个循环；68℃7min。或者，

PCR反应体系(20μl)为：PCR Mix 10μl，10pmol/μl上、下游引物各1μl，DNA模板1μl，ddH₂O补齐至总体积20μl。PCR反应程序为：94℃2-5min；94℃30s，50℃30s，72℃30s，共33～37个循环；72℃10min。