[发明专利]单样本ceRNA网络识别方法、装置、电子设备及存储介质在审
申请号: | 202111038837.1 | 申请日: | 2021-09-06 |
公开(公告)号: | CN113724789A | 公开(公告)日: | 2021-11-30 |
发明(设计)人: | 张俊鹏;赵春文;李司婧;杨燕婷 | 申请(专利权)人: | 大理大学 |
主分类号: | G16B30/00 | 分类号: | G16B30/00;G16B15/30;G16B40/20 |
代理公司: | 北京喆翙知识产权代理有限公司 11616 | 代理人: | 王光建 |
地址: | 671003 云南省*** | 国省代码: | 云南;53 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 样本 cerna 网络 识别 方法 装置 电子设备 存储 介质 | ||
1.一种单样本竞争性内源核糖核酸ceRNA网络识别方法,其特征在于,包括:
获取匹配样本的微小核糖核酸miRNA、第一靶基因和第二靶基因的转录组矩阵,每个所述匹配样本中包括多个样本,每个所述样本包括多个miRNA、第一靶基因和第二靶基因;
根据匹配样本,获取与所述匹配样本相关的先验miRNA和靶基因调控关系数据;
根据所述匹配样本的miRNA的转录组矩阵、所述匹配样本的第一靶基因和第二靶基因的转录组矩阵以及所述先验miRNA和靶基因调控关系数据,识别获取所述匹配样本中每个所述样本对应的多个ceRNA竞争关系对;
将每个所述样本对应的所述多个ceRNA竞争关系对进行融合,得到每个所述样本对应的ceRNA网络。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述获取匹配样本的miRNA、第一靶基因和第二靶基因的转录组矩阵,包括:
根据所述匹配样本的生物特性,在给定的miRNA、第一靶基因和第二靶基因转录组矩阵中,提取相同生物特性的miRNA、第一靶基因和第二靶基因的转录组矩阵,得到所述匹配样本的miRNA、第一靶基因和第二靶基因的转录组矩阵。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述根据所述匹配样本的miRNA的转录组矩阵、所述匹配样本的第一靶基因和第二靶基因的转录组矩阵以及所述先验miRNA和靶基因调控关系数据,识别获取所述匹配样本中每个所述样本对应的多个ceRNA竞争关系对,包括:
根据所述样本的miRNA的转录组矩阵、所述样本的第一靶基因和第二靶基因的转录组矩阵以及所述先验miRNA和靶基因调控关系数据,获取共享miRNA的显著性p值、第一靶基因和第二靶基因之间的正相关显著性p值以及第一靶基因和第二靶基因之间的敏感性相关显著性p值;
当所述共享miRNA的显著性p值、所述第一靶基因和第二靶基因之间的正相关显著性p值以及所述第一靶基因和第二靶基因之间的敏感性相关显著性p值均符合预设条件时,确定所述第一靶基因和第二靶基因为所述样本的所述ceRNA竞争关系对。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述共享miRNA的显著性p值、所述第一靶基因和第二靶基因之间的正相关显著性p值以及所述第一靶基因和第二靶基因之间的敏感性相关显著性p值均符合预设条件,包括:
所述共享miRNA的显著性p值小于0.05、所述第一靶基因和第二靶基因之间的正相关显著性p值小于0.05以及所述第一靶基因和第二靶基因之间的敏感性相关显著性p值小于0.05。
5.根据权利要求1-4任一项所述的方法,其特征在于,在得到单样本的ceRNA网络之后,所述方法还包括:
通过单样本ceRNA网络相似性分析、与目标疾病的关联性分析以及样本聚类分析中的至少一种分析方式,对所述单样本的ceRNA网络进行分析验证。
6.一种单样本ceRNA网络识别装置,其特征在于,包括:
获取模块,用于获取匹配样本的miRNA、第一靶基因和第二靶基因的转录组矩阵,每个所述匹配样本中包括多个样本,每个所述样本包括多个miRNA、第一靶基因和第二靶基因;
获取模块,还用于根据匹配样本,获取与所述匹配样本相关的先验miRNA和靶基因调控关系数据;
识别模块,用于根据所述匹配样本的miRNA的转录组矩阵、所述匹配样本的第一靶基因和第二靶基因的转录组矩阵以及所述先验miRNA和靶基因调控关系数据,识别获取所述匹配样本中每个所述样本对应的多个ceRNA竞争关系对;
融合模块,用于将每个所述样本对应的所述多个ceRNA竞争关系对进行融合,得到每个所述样本对应的ceRNA网络。
7.根据权利要求6所述的装置,其特征在于,所述获取模块,具体用于根据所述匹配样本的生物特性,在给定的miRNA、第一靶基因和第二靶基因转录组矩阵中,提取相同生物特性的miRNA、第一靶基因和第二靶基因的转录组矩阵,得到所述匹配样本的miRNA、第一靶基因和第二靶基因的转录组矩阵。
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