[发明专利]一种用于检测肺腺癌细胞中TP53通路相关基因突变的基因组合物以及预测模型和方法

说明书

本发明公开了一种用于检测肺腺癌细胞中TP53通路相关基因突变的基因组合物以及预测模型和方法。本发明通过运用RNA测序、Lasso回归和二分类Logistic回归筛选与肺腺癌细胞中TP53通路相关的基因(MDM2、ATM、TP53)，并构建评分Score，通过ROC分析得到肺腺癌中Score相应的截断值，可用于肺腺癌细胞中TP53通路相关基因是否突变的预测。本发明通过利用基因组合物表达量来预测肺腺癌特定基因突变，经验证发现该预测方法具有特异性好、准确性高的优点，有很好的应用前景。

技术领域

本发明涉及一种用于检测肺腺癌细胞中TP53通路相关基因突变的基因组合物以及预测模型和方法，属于分子诊断技术领域。

背景技术

根据2020年的研究，在所有癌症中，肺癌死亡率居首位，每年约有180万人死亡，肺癌发病率居第二位，每年新增确诊病例超过220万例。肺腺癌(LUAD)是最常见的亚型，占所有肺癌的40％以上。对于肺腺癌传统的治疗方法主要为手术治疗、化疗和放疗，各种针对肺腺癌的靶向药物的出现明显改善了肺腺癌患者的预后，进入了肺腺癌分子治疗的时代。因此如何精准、快速的评估肺腺癌的分子特征，对于提高肺腺癌患者的治疗效果、减轻社会负担具有极其重要的意义。

肿瘤的特质之一为持续性的增殖，这对于肿瘤的生长和转移有重要的意义。在肺腺癌中，TP53通路相关基因MDM2、ATM、TP53基因具有较高的突变率，这些基因的突变导致细胞失去正常的周期而进入持续增殖的状态，进而导致肿瘤的发生、生长和和转移，严重影响了患者生存和预后。

近年来，细胞周期疗法在肿瘤的治疗中展现出了巨大的应用前景，在乳腺癌中，目前已经批准上市的选择性CDK4/6抑制剂包括帕博西林(palbociclib)、瑞博西尼(ribociclib)、和玻玛西林(abemaciclib)在内的3种药物，均已获批一线联合芳香化酶抑制剂用于治疗激素受体阳性晚期乳腺癌，可使患者从中明显获益。

目前肺腺癌细胞中TP53通路相关基因突变的检测并非临床常规项目，单独检测价格昂贵，仍需要兼具准确性和应用价值的检测手段可以应用于肺腺癌患者个体化治疗方案的制定。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是：如何准确预测肺腺癌患者细胞中TP53通路相关基因是否突变以便于指导患者的治疗。

为了解决上述技术问题，本发明提供了一种用于检测肺腺癌细胞中TP53通路相关基因MDM2、ATM和TP53中任一基因突变的基因组合物，包括基因EDA2R、CA2、GPC2、TICRR、SPATA18、CACNA2D2、LINC00634、KRT76、HTR1B、KRT9、KCNK17、PCDH20、CDK5R2、C4orf54、SIM1、ZBTB16、PEG10、IL1RAPL2、MAGEC3、NELL1和MAGEB1。

本发明还提供了一种用于检测肺腺癌细胞中TP53通路相关基因MDM2、ATM和TP53中任一基因突变的预测模型，该预测模型为：Score＝(-0.6993×EDA2R)+(-0.0361×CA2)+(0.0062×GPC2)+(0.4288×TICRR)+(-0.1062×SPATA18)+(-0.0842×CACNA2D2)+(0.0083×LINC00634)+(-0.1024×KRT76)+(-0.0043×HTR1B)+(0.0500×KRT9)+(-0.0349×KCNK17)+(-0.0017×PCDH20)+(0.0012×CDK5R2)+(0.0478×C4orf54)+(0.0395×SIM1)+(-7.0131×ZBTB16)+(0.0231×PEG10)+(0.1078×IL1RAPL2)+(0.0113×MAGEC3)+(-0.0027×NELL1)+(0.0525×MAGEB1)。

优选地，所述预测模型的评分score截断值为-2.681。