[发明专利]基于KASP技术开发的用于茶树品种鉴定的核心SNP标记

说明书

基于KASP技术开发的用于茶树品种鉴定的核心SNP标记。本发明提供了一种检测SNP位点的试剂，所述试剂用于检测SNP位点1～30中的一个或几个。通过对251份茶树资源进行简化基因组测序，获得96401个SNP位点，基于缺失率＜0.15、次等位基因频率＞0.2和杂合率＜0.2这三个筛选标准，获得2528个SNP位点。利用LociScan_V1.0位点筛选工具对2528个位点进行分层筛选，获得30个SNP核心SNP位点，设计对应引物，对72份经过国家、省级审定或其他重要茶树品种/系进行KASP检测。不仅丰富了茶树分子标记，还可以广泛的应用于茶树品种进行基因分型、鉴别或辅助鉴别茶树品种、检测任意两个茶树的相似性等方面的应用。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及基于KASP技术开发的用于茶树品种鉴定的核心SNP标记。

背景技术

茶树(Camellia sinensis(L.)O.Ktze)是山茶科、山茶属灌木或小乔木。我国作为茶树起源地，有着悠久的种植历史。近年来，随着茶树育种工作的迅速开展，大批优良茶树品种在我国得到广泛推广和种植。然而，由于骨干亲本遗传基础狭窄等导致的不同茶树品种亲缘关系比较接近，在茶树良种推广过程中，市场上同名异物或异物同名所致的品种真实性问题时有发生。而依据形态特征和生化成分去鉴别品种真实性，易受到环境与主观因素的影响。因此，迫切需要建立一套稳定可靠、易于操作的茶树品种鉴定方法。

伴随着基因组学和分子生物学的发展，分子标记技术已经广泛的应用于种质资源遗传多样性、品种鉴定、种质资源遗多样性、遗传图谱构建、重要性状的Q TL定位、基因挖掘和辅助育种中。由于茶树基因组较大、结构复杂、遗传基础狭窄，已开发的分子标记如SSR标记，遗传多态性较低，数量还太少，限制了茶树功能基因挖掘的进程和分子标记技术在育种中的应用。

随着高通量测序技术的快速发展，第三代单核苷酸多态性(SNP)逐渐成为应用广泛的分子标记，在植物遗传育种研究中具有广阔的应用前景。植物基因组中包含着丰富的单碱基的插入、缺失转换和颠倒等变异，利用这些变异开发的SN P分子标记位点，具备准确性高、灵活性强和通量大等特征。

KASP基因分型技术是一项独特的竞争性等位基因特异性PCR，可对各种基因组DNA样本，基于引物末端碱基的特异匹配来对指定的SNPs(单核苷酸多态性)进行高精度双等位基因分型。LCG IntelliQube平台通过超高的单日检测反应数(＞4万个数据点)和极小的反应体系(低至1.6μL)，极大降低了检测成本，通过结合全自动一体化DNA抽提、荧光定量PCR工作平台，快速检测大量 SNP位点，在医学、农学检测方面LGC KASP都有非常好的应用。

目前，利用茶树基因组信息开发的SNP分子标记位点的数量还十分有限，能够鉴定的茶树品种也并不多。例如周琳等运用EST-SNP基因分型技术得到了 60个SNP标记，但仅能鉴别40个茶树品种(周琳.EST-SNP分子标记技术在茶和咖啡中的开发与应用[D].南京农业大学，2017.)，并不能满足其他茶树品种的鉴定需求。本发明利用KASP基因分型技术，通过茶树基因组信息，鉴定其中的单碱基变异，开发易于检测的SNP分子标记位点，不仅丰富了茶树分子标记，还可以广泛的应用于茶树品种进行基因分型、鉴别或辅助鉴别茶树品种、检测任意两个茶树的相似性等方面的应用。

发明内容

本发明目的是为了克服现有技术的不足，提供了一种基于KASP技术开发的用于茶树鉴定的核心SNP分子标记位点。本发明利用KASP基因分型技术，通过茶树基因组信息，鉴定其中的单碱基变异，开发易于检测的SNP分子标记位点，不仅丰富了茶树分子标记，还可以广泛的应用于茶树品种进行基因分型、鉴别或辅助鉴别茶树品种、检测任意两个茶树的相似性等方面的应用。

本发明的第一个目的是提供一种检测茶树基因组中的30个SNP位点的物质的应用。

本发明的第二个目的是提供一种检测茶树30个SNP位点的物质、或一种对茶树品种进行基因分型的物质、或鉴别或辅助鉴别茶树品种的物质。