[发明专利]一种检测早期结直肠癌和腺瘤的DNA甲基化标志物的试剂盒

说明书

本发明提供了一种早期结直肠癌和腺瘤的诊断、筛查与风险预测的DNA甲基化标志物，所述标志物是NDRG4基因中的CpG位点在SEQ ID NO.:1中的第38位、第47位、第50位以及第52位中至少2个位点同时发生甲基化。本发明还提供了检测上述DNA甲基化标志物的方法、引物对、探针和试剂盒。本发明的方法对早期结直肠癌和腺瘤的特异性好、灵敏度高，且检测成本低、操作简单，有利于早期结直肠癌筛查的广泛应用。

本申请是申请日为2020年07月29日、申请号为202010745610.X、发明名称为“早期结直肠癌和腺瘤的DNA甲基化标志物、检测其的方法及其应用”的发明专利申请的分案申请。

技术领域

本发明涉及基因检测领域，具体地，本发明涉及一种早期结直肠癌和腺瘤的甲基化标志物、检测其的方法及其应用。

背景技术

在中国，结直肠癌的发病率位列所有恶性肿瘤中的第4位。中国结直肠癌的筛查不足，是造成我国结直肠癌五年生存期低的主要原因。最新的研究表明，粪便中含有微量的来源于人类肠道表皮脱落细胞的核酸，对这些核酸的多靶标检测可以有效的预示恶变的信号，例如粪便DNA的多靶标检测可以用于筛查肠癌，虽然针对高级别腺瘤的灵敏度偏低。粪便DNA多靶标检测技术于2014年获得FDA批准用于肠癌筛查，并列入NCCN肠癌筛查指南和美国癌症预防计划。

肠癌从最初的息肉开始到腺癌，需要5-10年的生长周期，这一阶段的治疗成本低效果好；但是，一旦突破这个阶段，随着病程变长，病变速度加快，治疗费用高，而且效果极差。因此，早诊早治是应对结直肠癌的最好办法。

多数结直肠癌开始于结肠或直肠内衬的生长，称为息肉。随着病程延长，某些类型的息肉会发展为癌症。常见的息肉类型是增生性息肉，和结直肠腺瘤性息肉；后者有概率会发展为癌症，因此，腺瘤被称为癌前疾病。肠道腺瘤可以通过内镜筛查，但对检查者的技术要求就较高，临床上存在的内镜筛查的漏检率较高。因此，基因筛查腺瘤对于早期结直肠癌诊断和筛查具有重要意义。

本领域急需一种早期结直肠癌和腺瘤的DNA标志物，以用于早期结直肠癌诊断和筛查。

发明内容

本发明的目的是提供一种早期结直肠癌和腺瘤的DNA甲基化标志物、检测其的方法及其应用。

在本发明的第一方面，提供了一种早期结直肠癌和腺瘤的诊断、筛查与风险预测的DNA甲基化标志物，所述标志物是NDRG4基因中的CpG位点在SEQ ID NO.:1中所示序列中的第38位、第47位、第50位以及第52位中至少2个位点同时发生甲基化，其中，所述序列编号是基于SEQ ID NO.:1中所示序列：AAGCGGCAGGAGCAGCTCACAGCCAGGAGCGCTCTCCCGCCCCCAACGCCGCGCTCCCCCCTCCAAAACGGTTTAAAAAAATCCACCAATTGCATGGCC(SEQ ID No.:1)。具体地，所述标志物是NDRG4基因中的CpG位点在SEQ ID NO.:1中所示序列中的以下位点同时发生甲基化：

(1)第38位和第47位；或

(2)第38位和第50位；或

(3)第38位和第52位；或

(4)第47位和第50位；或

(5)第47位和第52位；或

(6)第50位和第52位；或

(7)第38位、第47位和第50位；或

(8)第38位、第47位和第52位；或

(9)第47位、第50位和第52位；或