[发明专利]一种基于低深度测序法检测染色体中三倍体、ROH的方法

说明书

本发明提供了一种基于低深度测序法检测染色体中三倍体及ROH的方法，方法包括：基于酶切法，获取待测样本的基因组测序数据；提取基因组测序数据内SNP位点，SNP位点的数量记为m；依据SNP位点的基因分型，统计SNP位点中杂合SNP位点的数量n；判断待测样本是否为三倍体：若p≥n/m＞0时，则待测样本杂合SNP位点过少，为全基因组ROH；若1＞n/m＞p时，根据不同AF值区间的SNP数量判断待测样本是否为三倍体。本发明提供的方法兼容性强、适用性广、成本低、不需要设计探针，只需要超低的测序深度即可实现同时对基因组三倍体或ROH的判断。

技术领域

本发明属于基因检测技术领域，涉及染色体是否为三倍体或ROH的检测方法，具体为一种基于低深度测序法检测染色体中三倍体、ROH的方法。

背景技术

众所周知，正常人类细胞中包含两组染色体，一组来自父亲，一组来自母亲。其中，三倍体是胎儿细胞中多了一组额外的染色体组，其是一种严重的染色体异常，是妊娠早期流产的重要原因之一。基因组区域纯合状态（Regions of Homozygosity, ROH）是一种基因组区域中一定范围内连续呈现的杂合性丢失的现象，染色体存在ROH时提示可能存在单亲二体（UPD），UPD出现在特定的染色体上时，会由于遗传印记效应引起相关疾病。此外，ROH区域内发生孟德尔隐性遗传病的风险明显增加。

在植入前遗传学筛查中，对染色体是否存在三倍体、ROH的情况进行检测，能避免部分流产和减少患儿的出生，减少患者家庭不必要的时间和经济成本，在流产组织学诊断中，三倍体、ROH的检测能帮助确定流产遗传学原因，提高流产的诊断率。

目前，现有的三倍体的检测方法有核型、荧光原位杂交（FISH）、定量PCR（QF-PCR）、SNP芯片、二代测序等。在上述方法中：

核型、FISH、QF-PCR方法为低通量检测技术，其不能同时检测所有染色体，上述方法可以通过设计特定的探针提示三倍体，但不能提示UPD（单亲二体）；

MS-MLPA技术能检测UPD，但只能检测特定种类的UPD，且不能提示三倍体；

芯片技术中的array CGH可以检测拷贝数异常，但不能检测三倍体和ROH；SNParray技术可以检测三倍体和ROH，但是对待测样本的要求和成本都比较高；

测序技术检测染色体拷贝数的方法，CNV-seq方法的测序深度低，不能检出三倍体和ROH；通过STR方法分析区分三倍体和正常二倍体，STR探针的多态性高，但是其在基因组中分布不均匀。

因此，鉴于目前市场上的检测产品存在通量低、操作复杂、成本高等问题，亟需设计一种能同时检测三倍体和ROH的方法。

发明内容

本发明的目的在于提供一种基于低深度测序法检测染色体中三倍体及ROH的方法，其适用性强，能够适用多种建库方式和测序仪器；且其检测成本低、通量高、扩展性强，可以检测基因组测序数据范围内大量的SNP位点。

实现发明目的的技术方案如下：一种基于低深度测序法检测染色体中三倍体及ROH的方法，方法包括：

基于酶切法，获取待测样本的基因组测序数据；

提取基因组测序数据内SNP位点，SNP位点的数量记为m；

依据SNP位点的基因分型，统计SNP位点中杂合SNP位点的数量n；

判断待测样本是否为三倍体或全基因组ROH：

若p≥n/m＞0时，则待测样本为全基因组ROH；

若1＞n/m＞p时，则判断待测样本是否为三倍体。