[发明专利]基因组甲基化文库及其制备方法和应用

权利要求书

1.一种基因组甲基化文库的制备方法，其特征在于，包括以下步骤：

提供转座酶复合体，所述转座酶复合体由转座接头和转座酶组成，所述转座接头含有转座子序列；

使用所述转座酶复合体对基因组DNA进行片段化，得到加上了所述转座接头的片段化产物；

使用以mdCTP替代了dCTP的dNTPs对所述片段化产物进行缺口补齐；

将经所述缺口补齐后的片段化产物进行转化处理，使未被甲基化修饰的胞嘧啶转化为尿嘧啶；

将经所述转化处理后的片段化产物进行PCR扩增，得到所述基因组甲基化文库。

2.根据权利要求1所述的制备方法，其特征在于，所述转座接头为单链接头、双链接头和茎环接头中的一种或多种。

3.根据权利要求1所述的制备方法，其特征在于，所述转座接头含有甲基化修饰的胞嘧啶。

4.根据权利要求1所述的制备方法，其特征在于，所述转座接头包括序列如SEQ ID NO：1所示的第一接头和序列如SEQ ID NO：2所示的第二接头，以及序列如SEQ ID NO：3所示的第三接头或序列如SEQ ID NO：4所示的第四接头。

5.根据权利要求1～4任一项所述的制备方法，其特征在于，在所述缺口补齐的步骤之前还包括以下步骤：使用具有3’端到5’端核酸外切功能的酶对所述片段化产物进行酶切处理以扩大所述转座酶复合体形成的缺口。

6.根据权利要求1～4所述的制备方法，其特征在于，所述转座酶选自Tn1、Tn2、Tn3、Tn4、Tn5、Tn6、Tn7、Tn9、Tn10、Tn551、Tn971、Tn916、Tn1545、Tn1681、Tgf2、Tol2、Himar1和HARBI1中的一种或多种。

7.根据权利要求1～4任一项所述的制备方法，其特征在于，所述转化处理包括以下步骤：使用TET2酶和氧化增强剂将甲基化修饰的胞嘧啶氧化成羧基胞嘧啶，然后对未被甲基化修饰的胞嘧啶进行脱氨基处理。

8.根据权利要求1～4任一项所述的制备方法，其特征在于，所述转化处理包括以下步骤：使用亚硫酸氢盐将未被甲基化修饰的胞嘧啶磺化和水解脱氨，生成尿嘧啶磺酸盐中间产物，然后在碱性条件下对所述尿嘧啶磺酸盐中间产物进行脱磺酸基处理。

9.一种基因组甲基化文库，其特征在于，根据权利要求1～8任一项所述的制备方法制备得到。

10.一种测序方法，其特征在于，包括以下步骤：

根据权利要求1～8任一项所述的制备方法制备得到基因组甲基化文库；

对所述基因组甲基化文库进行双端测序，获得双端测序数据；

将所述双端测序数据与参考基因组数据进行比对，测序reads中通过所述缺口补齐形成的部分用于序列定位，测序reads中其他部分用于判断甲基化位点，根据比对到参考基因组序列上的信息，获得所述基因组DNA的甲基化位点。