[发明专利]一种海水样本宏基因组建库检测技术

说明书

本发明提供了一种海水样本宏基因组建库检测技术，包括：滤膜的前处理、过滤步骤、Tn5转座子构建文库；所述的滤膜的前处理为使滤膜带有正电荷。本发明提供的海水样本宏基因组建库检测技术适用面广，操作简单，缩短了建库时间，提高了工作效率，具有很好的应用前景。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种海水样本宏基因组建库检测技术。

背景技术

海水样本宏基因组建库主要是针对海水中的微生物，海水微生物是生物活性物质的重要源泉。通常在海水微生物采样时最常用的方式是过滤，需要用不同孔径的滤膜对海水进行多次过滤，通过过滤大量海水得到更完整的微生物群落组成，进而提取海水微生物DNA。但海水微生物含有大量的无机盐离子、无机化合物、有机化合物、重金属离子等干扰提取反应进行的杂质。且不同水域的海水微生物种类不同，这都为从海水微生物群中提取DNA带来了困难。

对于海水样本宏基因组建库目前主要存在以下问题：(1)过滤时滤膜的孔径较小，不能满足高流量和高通量的要求；(2)大量海水的过滤加上孔径较小使滤膜容易堵塞，降低了工作效率；(3)海水至少过滤两次，增加工作量的同时费时费力；(4)构建文库步骤繁琐，时间长。

中国专利201610706216.9公开了一种海水微生物宏基因组的提取方法。针对海水这一特殊的样本给予去盐离子处理、双重滤膜过滤再回收处理相结合，旨在提供一种高效、快速的提取海水微生物宏基因组的方法，具体包括以下几个步骤：海水中杂质的去除、海水微生物的裂解、DNA的游离与吸附、DNA洗脱。能够有效的去除海水中较多的盐离子的干扰；充分裂解海水中的微生物细胞，使DNA充分释放。该方法提取的DNA，其A260/280比值维持在1.8-2.0之间，所得DNA质量好、纯度高；能够满足基因文库构建和qPCR以及高通量测序的需求，为研究微生物基因组遗传变异多样性提供了良好的基础。但双重滤膜过滤效率较低。

中国专利201410799477.0中公开了一种基于宏基因技术的石油污染海洋生态环境评价方法，该方法包括步骤：采集海水样品；对样品进行宏基因组DNA的提取并测序；对测序数据进行有效序列数据统计分析和优化序列数据统计分析；使用mothur及chopseq软件进行OTU-based分析；进行Alpha-diversity分析，该分析过程包括对菌群丰度、菌群多样性、测序覆盖率进行分析；进行稀释性曲线分析；进行分类学分析和群落结构分析；进行Heatmap聚类分析，获得样品微生物区系结构和种群数量参数值，用于评价不同样品中污染相似度及危害性。该方法可客观评价溢油污染物对海洋生态系统的损害程度以及生态系统对溢油污染物的响应变化。但其仅采用离心富集海水中微生物，精度较低。

发明内容

为了解决上述问题，本发明提供了一种海水样本宏基因组建库检测技术，减少海水样本采样量，提高工作效率，改进的过滤方法也能得到更完整的微生物群落，同时在构建文库的方法上进行了改进，从而更符合宏基因组测序标准。

一方面，本发明提供了一种海水样本宏基因组建库检测技术。

具体地，所述的海水样本宏基因组建库检测技术中包括：滤膜的前处理、过滤步骤、Tn5转座子构建文库。

具体地，所述的滤膜的前处理为使滤膜带有正电荷。

进一步具体地，所述的滤膜的前处理为使用含有壳聚糖的处理液处理滤膜。

所述的滤膜的前处理包括但不限于：使滤膜浸泡在含有壳聚糖的处理液中；或者将含有壳聚糖的处理液喷涂到滤膜表面。

所述的含有壳聚糖的处理液中壳聚糖的浓度为：1.5mg/mL-2.5mg/mL，优选为2mg/mL。

具体地，所述的过滤步骤为：使样本通过过滤装置。

进一步具体地，所述的过滤装置带有紧贴于滤膜的搅拌装置，从而减少堵塞，加速过滤。