[发明专利]一种用于检测新型冠状病毒及其变异株的引物、探针组合物及试剂盒

说明书

本发明公开了一种用于检测新型冠状病毒及其变异株的引物、探针组合物及试剂盒，包括针对SARS‑CoV‑2的ORF1ab基因、N基因以及内参基因的特异性的引物及探针，还包括针对SARS‑CoV‑2的S基因69‑70Del、L452R、E484K、E484Q和N501Y突变位点、NSP6基因106/107/108del突变位点、E基因P71L突变位点、ORF7A基因V82A突变位点、ORF3A基因S253P突变位点中的一个或多个突变位点的特异性的引物及探针。本发明的引物、探针组合物及试剂盒能在检测新型冠状病毒时又检测突变位点，可区分出新型冠状病毒B.1.351变异株、B.1.1.7变异株、B.1.617变异株或P.1变异株中的一种或多种；是一种快速、低成本、变异信息丰富的新型冠状病毒及变异株检测试剂，为全球疫情防控、流行性病学研究提供了强有力的帮助。

技术领域

本发明涉及生物工程技术领域，特别是涉及一种用于检测新型冠状病毒及其变异株的引物、探针组合物及试剂盒。更具体的是涉及一种采用多重荧光PCR技术对新型冠状病毒及变异株进行核酸检测的试剂盒。

背景技术

目前国际上检测新型冠状病毒变异株的主流方法是基因测序，但由于基因测序耗时长，花费贵，难易大范围推广。个别厂家如厦门致善生物(Zeesan Biotech)、华大基因(BGI Genomics)推出基于QPCR技术平台的新型冠状病毒突变位点检测试剂盒，仅能识别一种变异株，不能同时识别多种不同变异株，未能很好的满足临床检测需求。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种用于检测新型冠状病毒及其变异株的引物、探针组合物及试剂盒，使其能在检测新型冠状病毒时又检测突变位点，可区分出新型冠状病毒B.1.351变异株、B.1.1.7变异株、B.1.617变异株或P.1变异株中的一种或多种，以及提示存在其他类型变异株。

为解决上述技术问题，本发明采用如下技术方案：

一种用于检测新型冠状病毒及其变异株的引物、探针组合物，包括针对SARS-CoV-2的ORF1ab基因、N基因以及内参基因的特异性的引物及探针，还包括：针对SARS-CoV-2的S基因69-70Del、L452R、E484K、E484Q和N501Y突变位点、NSP6基因106/107/108del突变位点、E基因P71L突变位点、ORF7A基因V82A突变位点、ORF3A基因S253P突变位点中的一个或多个突变位点的特异性的引物及探针；所述引物及探针组合物用于在检测新型冠状病毒时又检测突变位点，可区分出新型冠状病毒B.1.351变异株、B.1.1.7变异株、B.1.617变异株或P.1变异株中的一种或多种。

本发明通过对在outbreak数据网上公布的1,275,071条新型冠状病毒基因序列和10余种典型的变异株进行大量的筛选、分析、验证最后选定了上述的特异的基因及突变位点，来进行引物及探针的设计，能准确识别多种不同变异株，很好地满足临床检测需求。