[发明专利]用于结直肠癌预后评估的基因标志物

说明书

本发明公开了用于结直肠癌预后评估的基因标志物，其包括以下基因：CASP6、CLOCK、DENND6A、LARP1、SLC36A4、SERBP1、ST7L、SEC22C、USP33。本发明的基因标志物是基于进化理论筛选得到，筛选的过程考虑到了癌症细胞与进化之间的关联，并且经过实验与临床验证，通过本发明9个基因标志物的表达水平能够对结直肠癌病人预后的生存时间上具有很好的区分能力，其可作为有效的生物标记物对结直肠癌病患进行预后评估，以能够对病患进行有效地、个性化的防护与治疗，并且本发明的基于进化理论筛选结直肠癌预后评估的基因标志物的方法可推及到其他的癌症预后基因标志物的筛选，为开发有效的生物标志物提供新的思路。

技术领域

本发明涉及医学分子生物学技术领域，尤其涉及用于结直肠癌预后评估的基因标志物。

背景技术

结直肠癌(Colorectal Cancer,CRC)作为全球第三常见的癌症，其高发病率和高死亡率使得攻克结直肠癌成为一件刻不容缓的事情。然而，尽管对于结直肠癌在治疗上相较以前已经有所改善，但由于结直肠癌并不明显的早期症状容易被患者忽视，通常在晚期时才被确诊，导致结直肠癌的死亡率高居不下。现阶段对于结直肠癌的治疗手段一般采用手术切除和药物辅助治疗，但是由于肿瘤具有高度异质性的特点，不同患者之间的治疗效果存在很大差异。因此有效预防结直肠癌、实现正确诊断和治疗是当前结直肠癌研究中的重要目标。为了解决这一问题，相关的研究人员及技术人员在研究用于临床鉴定的分子标记方面已经做出了大量努力，例如，原发肿瘤的基因表达特征可以预测转移。然而，到目前为止，相关的标志物的临床应用仍然受到限制。

生物标志物筛选对肿瘤精准医疗至关重要。基于患者个性化基因型和临床信息的CRC生物标志物发现可以促进对某些类型和阶段的癌症患者进行分类，从而个性化定制预防和治疗方法。越来越多新的标志物被提出用来做前期肿瘤诊断、病程检测控制以及预后生存评估，推动了肿瘤的个性化治疗。虽然高通量组学的发展产生了大量的组学数据，大大增加了开发有效生物标志物的机会，但目前常用的肿瘤生物标志物筛选策略往往只基于组学数据，背景噪声大，导致只有有限的肿瘤标志物被批准用于临床。随着进化医学开始发展，积累的进化知识已被成功地用于多种疾病发病机制解析和致病基因鉴别。脊椎动物进化史中的全基因组复制中保留的一批重复基因被称为Ohnolog，在生物体的发育和调控起重要作用。除此之外，癌细胞通过“快速”进化可以逃脱细胞分裂和程序性死亡控制，使得癌症迅速扩散，因此癌症驱动基因具有特殊的起源进化阶段特征。

发明内容

基于以上背景，本发明提供了基于进化理论而得到的用于结直肠癌预后评估的基因标志物，并且基于癌症和进化之间的重要关联，提供了一种基于进化理论筛选结直肠癌预后评估的基因标志物的方法。

本发明的技术方案为：

用于结直肠癌预后评估的基因标志物，其包括以下基因：

CASP6、CLOCK、DENND6A、LARP1、SLC36A4、SERBP1、ST7L、SEC22C、USP33。

进一步的，上述的基因标志物基于进化理论筛选得到。

进一步的，所述基因标志物可用于制备用于结直肠癌预后评估的试剂盒，所述试剂盒包括基因探针或引物，所述基因探针或引物可通过定量PCR技术来检测所述基因标志物。

本发明还提供了一种基于进化理论筛选结直肠癌预后评估的基因标志物的方法，其包括如下步骤：

(1)从进化角度确定生物标志物具有的进化特征；

(2)从TCGA中下载了结肠腺癌病人(TCGA-COAD)和直肠腺癌病人(TCGA-READ)的数据并进行合并，即为TCGA-CRC数据，所述数据包括病人基因表达数据、临床数据，所述临床数据包括生存状态、生存时长，所述基因表达数据为RNA-seq测序得到的基因表达量FPKM；