[发明专利]用于结直肠癌预后评估的基因标志物

权利要求书

1.检测基因标志物的试剂在制备用于结直肠癌预后评估的试剂盒的应用，其特征在于，所述基因标志物为：

CASP6、CLOCK、DENND6A、LARP1、SLC36A4、SERBP1、ST7L、SEC22C、USP33。

2.根据权利要求1所述的检测基因标志物的试剂在制备用于结直肠癌预后评估的试剂盒的应用，其特征在于，所述试剂盒包括基因探针或引物，所述基因探针或引物通过定量PCR技术来检测所述基因标志物。

3.根据权利要求1所述的检测基因标志物的试剂在制备用于结直肠癌预后评估的试剂盒的应用，其特征在于，所述基因标志物基于进化理论筛选得到。

4.根据权利要求3所述的检测基因标志物的试剂在制备用于结直肠癌预后评估的试剂盒的应用，其特征在于，所述基因标志物的筛选包括如下步骤：

（1）从进化角度确定生物标志物具有的进化特征；所述进化特征包括进化特征一、进化特征二；

所述进化特征一基于TTD 数据库中现有生物标志物中Ohnolog 基因的分布情况得到，其为：生物标志物多显著富集Ohnolog基因；

所述进化特征二基于内源性分子网络理论追踪癌症相关基因的进化起源阶段得到，其为：癌症相关基因多起源于真核生物，后鞭毛生物以及真后生动物进化阶段；

（2）从TCGA中下载了结肠腺癌病人TCGA-COAD和直肠腺癌病人TCGA-READ的数据并进行合并，即为TCGA-CRC数据，所述数据包括病人基因表达数据、临床数据，所述临床数据包括生存状态、生存时长，所述基因表达数据为RNA-seq测序得到的基因表达量FPKM；

（3）收集临床病人样本，并进行RNA-seq测序，构建DCH-CRC数据；

（4）对步骤（2）的TCGA-CRC数据进行预处理，得到有关的蛋白编码基因在结直肠腺癌病人中的基因表达矩阵，并对有关蛋白的编码基因的表达与病人预后生存时间建立Cox比例风险回归模型，鉴别出表达水平与生存预后有显著相关关系P-value0.05的基因；

并结合步骤（1）的进化特征，进一步地筛选出在TCGA的病人基因组中存在非同义突变的基因，此为候选基因标志物；

（5）对步骤（4）筛选出的候选基因标志物采用功能富集分析来验证其准确性；

（6）采用GATK最佳变异鉴别流程对结直肠癌RNA-seq数据DCH-CRC进行SNP鉴别分析，将步骤（4）筛选出的候选生物标志物在DCH-CRC中进行生存分析验证，进一步地筛选出能够显著对结直肠癌患者进行预后的基因标志物。