[发明专利]一种基于转录组数据高效筛选水产动物阳性SNP的方法

说明书

本发明公开了一种基于转录组数据高效筛选水产动物阳性SNP的方法。本发明选取目标性状两极群体作为转录组测序样本，依据转录组数据利用生物信息学手段发掘SNP，并以测序深度、等位基因频率差异显著性p值、最小等位基因频率（MAF）和等位基因频率不平衡数AFI为参数进行SNP筛选，建立了一套精确筛选阳性SNP的流程。本发明筛选水产动物阳性SNP的准确率高，成本低、效率高，可为发展单核苷酸多态性标记的发展和水产种质资源的选育提供依据。

技术领域

本发明属于水产动物遗传及分子标记辅助选择育种技术领域，具体地说涉及一种基于转录组数据高效筛选水产动物阳性SNP的方法。

背景技术

水产种质资源是我国渔业生产的重要物质基础和人类重要的食物蛋白源，然而，随着养殖技术的发展和市场需求的增多，养殖密度不断增加，栖息地环境恶化、苗种混杂，使现有品种种质退化、生长缓慢、抗逆性降低。同时，由于水产动物种类繁多、习性各异，活体遗传资源保存困难，现有的遗传资源活体材料偏少，遗传资源的利用率偏低，制约了拥有优异性状的水产种质资源的发展。因此，种质创制已成为我国水产养殖业研究的重点之一。

遗传标记是指用来区分不同的个体或群体并且能稳定遗传的物质或性状。单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,简称为SNP)是指基因组DNA序列中某个特定位点的单个核苷酸发生变异而引起的序列多态性,包括单碱基的转换、颠换、插入及缺失等形式。SNP作为第三代分子标记因其具有数量大、分布广泛、多态性高、突变率高、易于自动化高通量检测等特点，在分子标记辅助育种中得到广泛应用。

筛选SNP的方法有很多，例如等位基因特异寡核苷酸片段分析(ASO)、基因芯片技术(Gene chips)、探针技术(TaqMan)、AFLP、变性梯度凝胶电泳(DGGE)、单链构象多态性(SSCP)等，各种方法各有所长，其中直接测序法是最为快速、直接，且准确度最高。通过不同个体同一基因或DNA片段的直接测序，然后进行简单的序列对比，SNP可以直观地获得，同时还能得到突变的碱基类型、准确的位置等信息。但DNA的测序成本较高，大量的测序工作更为昂贵。目前，已开发了基于转录组数据筛选SNP的方法，但由于转录组反映的是某一生理条件下的遗传信息，且可能存在高错误率，此外，由于不精确重复和RNA编辑也会导致筛选出的阳性SNP有效率偏低。

因此，提供一种基于转录组数据高效筛选水产动物阳性SNP的方法是本领域技术人员亟待解决的技术难题。

发明内容

本发明的目的是开发了一种基于转录组数据高效筛选水产动物阳性SNP的方法。本发明通过测定水产动物的转录组数据，结合生物信息学建立了一套精确的筛选程序和以阅读深度read depth、p值，MAF和AFI为筛选指标的筛选标准。本发明筛选水产动物阳性SNP的准确率高，成本低、效率高，可为发展单核苷酸多态性标记的发展和水产种质资源的选育提供依据。

为实现上述目的，本发明采用的技术方案如下：

S1.生物取样：选取目标性状的两种极端水产动物个体，分别收集200或以上个体数所需的组织或器官，提取RNA。

S2.文库构建与测序：用第二代高通量测序平台测定步骤S1中所述的RNA序列，构建文库。Fastp软件去除低质量序列以及包含测序接头、poly-N的序列。用Bowtie2软件将所述Fastp软件处理过的序列比对到rRNA数据库移除核糖体RNA。去除核糖体RNA之后的序列通过TopHat2软件与所述水产动物参考基因组比对，确认SNP位点。